历史上，吴忠境内是野生动物出没的地方，主要有狼、鹿、麝、土豹、天鹅、野马、野猪、狸、青羊、黄羊、沙狐等。随着生态环境的改变，野生动物逐渐减少，尤其近30多年来，丘陵区和川区湖泊的大量开发，野生动物急剧减少。水生动物有水獭、水貂、鲤鱼、鲫鱼、鸽子鱼、鲶鱼、泥鳅、鳖、蚌、螺虾、蟹等；兽类有狼、狐狸、獾、黄鼠狼、青羊、黄羊、蒙古兔、荒漠猫、沙獾、石貂、兔狲、花鼠等；鸟类有野鸭、沙鸥、麻雀、猫头鹰、乌鸦、喜鹊、斑鸠、鹰、岩鸽、石鸡等。另有大量的环节、节肢、软体动物。昆虫类有蝴蝶、蜻蜓、黄蜂、螳螂、蟋蟀等。
　　传统饲养动物有黄牛、驴、马、骡、骆驼、绵羊、山羊、猪、兔、鸡、鸭、鹅、鸽等。引进饲养动物有奶牛、非洲鸵鸟、马鹿、梅花鹿、鹌鹑、旱鸳鸯、蜜蜂、家蚕等，还繁育和引进了很多名优畜禽及水产品种，如吴忠红牛、优良肉鸡、蛋鸡、甲鱼、罗非鱼、团头鲂等。

　　（2）物种多样性
　　物种多样性是生物多样性的基础。吴忠市域内有三个国家级自然保护区，即大罗山自然保护区、青铜峡鸟岛自然保护区和哈巴湖自然保护区。野生动植物资源极为丰富。
　　大罗山自然保护区有高等植物资源65科170属275种，其中，国家级重点保护植物有青海云杉等。野生动物资源22目114种82个亚种，其中有金雕、豹猫和猞猁等22种属于国家重点保护野生动物，20种属于自治区规定的保护种类，22种在《濒危野生动植物种国际贸易公约》名录之内，25种鸟类属于中日候鸟保护协定规定的保护物种，3种鸟类属于中澳候鸟保护协定规定的保护物种。
　　青铜峡库区鸟岛保护区是西北地区仅次于青海湖的第二大鸟岛。现有野生脊椎动物228种，其中鱼类27种，鸟类117种。国家一级保护动物有黑鹳、中华秋沙鸭等5种，国家二级保护动物有大天鹅、猎隼、鹅喉羚等14种，自治区级保护动物30种。
　　哈巴湖国家级自然保护区内有野生维管束植物315种，分属于54科169属，其中有国家重点保护植物中麻黄、甘草、沙冬青、沙棘、沙芦草等6种。中草药资源极为丰富，是驰名中外的“甘草之乡”。保护区内有国家一级保护动物白尾海雕、大鸨、小鸨、黑鹳等4种。国家二级保护动物有荒漠猫、兔狲、鹅喉羚、大天鹅、白琵鹭、蓑羽鹤等18种。宁夏回族自治区保护动物28种；有濒危野生动植物种国际贸易公约规定保护动物28种；中澳保护候鸟及其栖息环境协定保护的鸟类有43种；有中日保护候鸟及其栖息环境协定规定的保护鸟类8种；有国家保护的有益的或者有重要经济、科学研究价值的陆生野生动物65种。

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