十三、第二十六条修改为：“移民后期扶持的期限、标准和方式按照国务院和省人民政府的规定执行。
“各级人民政府在安排用于移民后期扶持项目的资金时，应当优先考虑本条例实施以前已建成的大中型水库库区中的移民贫困地区。”
十四、第二十七条增加一款作为第二款：“县级以上人民政府应当整合扶贫、以工代赈、农业综合开发和土地整理等支农资金，统筹库区内资源开发收益等财政性收入，加大对大中型水库库区移民生产项目开发、生产扶持和库区遗留问题的解决。”
十五、第三十条修改为：“本条例所称移民资金是用于移民前期补偿、补助和后期扶持的专项资金，包括淹没补偿费、移民后期扶持资金。
“移民管理部门应当加强对移民资金的管理，定期向同级人民政府和上一级人民政府移民管理部门报告并向项目法人通报有关资金的拨付、使用和管理情况。财政部门应当加强对移民资金拨付、使用和管理情况的监督。
“移民工作经费纳入同级财政预算。”
十六、第三十一条第一款修改为：“淹没补偿费包括移民迁建补偿费，城镇、集镇迁建补偿费，专业项目复建补偿费，防护工程、库底清理费，以及规划设计费、技术培训费、监理监测费和实施管理费等费用。”
十七、第三十二条修改为：“移民后期扶持资金包括国家拨付的大中型水库移民后期扶持基金和后期扶持结余资金，大中型水库库区基金以及各级财政安排的其他用于移民后期扶持的资金。”
十八、第三十五条第一款、第二款修改为：“移民管理部门应当建立健全财务管理制度。移民资金实行专款专用，不得截留、挤占或者挪作他用。
“县级以上人民政府财政、审计、监察部门应当加强对移民资金使用和管理情况的监督，及时查处各种违法行为。上级审计机关可以直接对下级人民政府移民管理部门使用、管理移民资金的情况进行审计。”
十九、增加一条作为第三十九条：“对因大中型水库建设和运行形成的山体滑坡、河堤塌岸和泥沙淤积等，项目法人应当作出规划，及时进行治理。”
