莆田市对外贸易经济合作局 （外经贸局）
莆田市文化广电新闻出版局 （文化广电新闻局）
莆田市卫生局 （卫生局）
莆田市体育局 （体育局）
莆田市人口和计划生育委员会 （人口计生委）
莆田市审计局 （审计局）
莆田市统计局 （统计局）
莆田市环境保护局 （环保局）
莆田市物价局 （物价局）
莆田市旅游局 （旅游局）
莆田市粮食局 （粮食局）
莆田市政府外事侨务办公室 （外侨办）
二、莆田市人民政府特设机构
莆田市人民政府国有资产监督管理委员会 （国资委）
三、莆田市人民政府部门管理机构
莆田市人民政府法制办公室 （法制办）
莆田市城市管理执法局 （执法局）
莆田市安全生产监督管理局 （安监局）
莆田市人民政府信访局 （信访局）
（莆田市人民政府信访局与莆田市委信访局，一个机构两块牌子，由市委办公室为主管理）
四、莆田市人民政府议事协调办事机构
莆田市人民防空办公室 （人防办）
莆田市口岸与海防管理委员会办公室 （口岸海防办）
（莆田市人民政府打击走私综合治理领导小组办公室） （打私办）
五、列入市委机构序列，加挂市政府机构牌子的相关机构
莆田市委台湾工作办公室挂莆田市人民政府台湾事务办公室牌子 （台办）
