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（一）国有资本经营预算收入由财政部门、预算单位按企业财务隶属关系收取、组织上交。企业按规定应上交的国有资本收益，使用非税收入一般缴款书，及时、足额直接缴入国库，纳入同级财政预算管理。
（二）国有资本经营预算支出，按以下程序办理：
1提出申请。符合国有资本经营预算资金使用条件的企业，向预算单位提交申报材料，同时抄报财政部门。申报材料包括：（1）《国有资本经营预算资金使用项目申请表》；（2）项目可行性报告（包括项目目标任务、资金使用总体绩效目标、分年度分阶段实施目标等）和初步设计书；（3）立项核准（或备案）部门对项目的核准（或备案）文件；（4）经中介机构审计后的企业财务会计报告；（5）项目资金证明书，包括项目已投入资金证明书和项目自筹资金证明书；（6）申请国有企业改革成本支出的企业，应提供企业改制方案和职工安置方案以及企业资金筹措、资产变现等资料；（7）预算单位、财政部门要求的其他材料。
2项目审核。对资本性投入的项目，由预算单位对企业的申请材料进行审核，提出国有资本经营预算资金项目支出安排初步意见，送财政部门审核；财政部门会同预算单位提出项目安排计划，联合报同级人民政府审批。对用于国有企业改革成本支出的项目，由预算单位、财政部门会同有关部门联合对企业的申请材料进行审核，提出国有资本经营预算资金补助方案，联合报同级人民政府审批。
3资金拨付。财政部门根据同级人民政府批准的国有资本经营预算资金项目安排计划，下达项目安排计划文件，通过国库集中支付系统将资金拨付到用款单位。
4考核评价。建立国有资本经营预算资金绩效评价制度。用款单位按规定向财政部门、预算单位报送财务会计信息并对国有资本经营预算资金使用情况进行总结；财政部门会同预算单位根据有关规定，对国有资本经营预算资金使用情况开展绩效评价，评价结果作为下一年度国有资本经营预算资金项目安排计划的依据。
5监督管理。财政部门会同预算单位对国有资本经营预算资金的使用情况进行监督检查，对骗取、截留、挪用国有资本经营预算资金的行为，依照有关法律、法规的规定处理。
（三）国有资本经营预算执行中如需调整，须按规定程序报批。年度预算确定后，企业改变财务隶属关系引起预算级次和关系变化的，应当同时办理预算划转。
（四）年度终了后，财政部门应当编制国有资本经营决算草案报本级人民政府批准。
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