要建立健全新农合基金征收、入户、拨付、使用、审计等各项规章制度。各级财政要加快财政补助资金划拨速度，确保新农合资金及时、足额到位。原则上县级财政补助资金当年第一季度内到位额度不低于本级补助资金总额的50%，剩余部分必须在第三季度前足额到位；省财政补助资金原则上应于第二季度末前下拨至各县（市、区）。中央和省财政补助资金下拨后，县（市、区）财政部门必须在15个工作日内转入新农合基金专户。要实行新农合基金的收支分离、管用分离，严格执行基金封闭运行模式，坚持财政部门代收、金融机构代理、专户储存、专账管理、财政部门复核、直接划拨的基金管理制度，逐步完善代理金融机构网上监管系统与新农合信息管理系统，实时监控基金的收支与运行情况。
五、加快推进农村医疗卫生服务体系建设
各县（市、区）人民政府要加大政策支持力度，采取有效措施，完善农村医疗卫生服务体系，切实办好县级人民医院、中医院、卫生监督机构、疾病预防控制机构和妇幼保健院（所），每个乡（镇）原则上由政府举办一所卫生院，村级卫生室的设置要方便农民就近就医。要加大资金投入力度，加强农村卫生基础设施建设，改善农村卫生设备，提高基层医疗机构服务能力。要加强人员培训与继续教育工作，提高农村卫生人员的素质。继续做好城市支农、支医工作，实施“城市万名医师支援农村卫生工程”，选派优秀大学毕业生到乡（镇）卫生院工作。严格执行医生晋升职称的有关规定，市（州）级以上医疗卫生机构的医生晋升主治医师或副主任医师职称之前，必须到县（市、区）以下医疗卫生机构累计服务一年以上；县（市、区）医疗卫生机构的医生晋升副主任医师之前，必须到乡（镇）卫生院累计服务一年以上。继续加强药品供应与监督网络建设，确保农村地区药品供应及用药安全。
六、加强对新农合制度建设的组织领导
各市、州、县人民政府是新农合制度建设的责任主体，要将新农合制度建设工作纳入地方经济社会发展和新农村建设总体规划，纳入重要议事日程，切实加强领导和组织协调，做到认识到位、责任到位、资金到位、工作到位。要加大支持和扶持力度，着力解决制度建设过程中的困难与问题。要整合相关制度、政策和社会资源，协同推进新农合制度发展。卫生、财政、民政、审计、食品药品监管等相关部门要明确各自职责，做好农民参加新农合的个人筹资、财政补助资金的划拨、困难群体缴费及医疗救助、基金审计、药品监管等方面的工作。
