封顶线设置：封顶线应考虑当地农民年人均纯收入的实际情况合理设置，以当年内实际获得住院补偿金额累计计算。目前，原则上不超过3万元。
补偿比例设置：按不同的医疗机构级别和费用段设置不同的补偿比例，引导参加新农合农民充分利用基层医疗卫生资源。其中：乡（镇）定点医疗机构的补偿比例为75%左右；县（市、区）定点医疗机构的补偿比例原则上分为2段，补偿比例一般为50～60%；县（市、区）外定点医疗机构补偿比例一般分为3段，补偿比例一般为35～50%；非定点医疗机构就医及非正常程序的转诊可考虑在同级别定点医疗机构补偿标准上适当下调。
（3）其他补偿。
各地可根据本地实际情况，积极开展部分特殊病种（慢性病）大额门诊补偿，对不用住院治疗、常在门诊就医、负担较重的特殊病种（慢性病）患者的大额门诊费用可按比例予以限额补偿或定额补偿。
参加新农合农民住院和特殊病种（慢性病）门诊就医时发生的中医适宜技术及中草药服务费用，补偿水平应在原补偿比例上相应提高5～10%。
参加新农合农民因危、急、重症等情况在门诊实施紧急抢救后住院的，其紧急抢救费纳入补偿范围。
对符合条件的孕产妇住院分娩给予100～200元的定额补偿。
参加新农合农民年度内未享受住院补偿的，可以组织一次健康体检，建立健康档案，体检费用严格按国家的规定支出。
统筹基金结余较多的县（市、区）在补充风险基金后，可按照公平的原则，对参加新农合农民实施二次补偿，主要对当年获得大病补偿的农民普遍进行再次补偿，二次补偿应在下一年度第一季度内完成。
对于其他政策规定费用优惠的医疗补偿项目，应先执行优惠政策，再对符合新农合补偿范围的医疗费用按照新农合规定给予补偿，但补偿总额不得超过其实际住院费用。
四、健全管理体系，加强基金监管
要加强市、州、县新农合管理经办机构建设，落实机构编制与人员，保障工作经费。按照管理与服务相分离的原则，县（市、区）管理经办机构在乡（镇）派出审核人员，实行统一管理。要加强对定点医疗机构的监管，建立动态管理机制，规范定点医疗机构的服务行为，做到合理诊断、合理用药、合理治疗、合理收费。完善全省新农合管理信息平台，改进新农合信息数据系统，年内争取实现省与县（市、区）管理经办机构联网运行，县（市、区）管理经办机构与定点医疗机构实现网上审核、网上结算、网上监控和信息传输。
