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1大病统筹基金。大病统筹基金占总基金的比例应不低于当年可筹资总额的85%（风险基金累积额已经达到当年统筹基金总额10%的地区，大病统筹基金的分配额应不低于90%）。在大病统筹基金中，可提取部分资金用于特殊病种（慢性病）大额门诊费用补助。统筹基金累计结余一般应不超过当年筹集的统筹基金总额的25%，其中当年筹集的统筹基金结余一般应不超过当年筹集的统筹基金总额的15%（含风险基金）。
2门诊基金。实施门诊家庭账户的地区，门诊基金不超过个人缴费额度的80%；实施门诊基金统筹的地区，可以考虑适当提高门诊基金分配水平。
3风险基金。风险基金由县（市、区）每年按当年统筹基金总额3%左右比例提取。风险基金的规模应保持在当年统筹基金总额的10%，风险基金达到规定规模后，不再提取。
（二）补偿方案。
1补偿范围。新农合基金的补偿范围，目前只限于参加新农合农民的医疗费用补偿。除外责任、目录外用药、诊疗项目外费用不能纳入补偿范围；公共卫生、婚检等非医疗服务项目不得纳入补偿范围。
2补偿模式。补偿模式要体现新农合制度保障基本医疗、分担大病风险的特征。各地可根据实际情况，在大病统筹加门诊家庭账户、大病统筹加门诊统筹和大病统筹三种模式中选择一种模式。
3补偿标准。
（1）门诊补偿。
门诊补偿采取家庭账户模式时，应以家庭为单位、由家庭成员共同使用，每户每年报销额最高不得超过家庭账户总额，年度有结余的可转入下年度使用，也可用于住院医药费用的自付部分和健康体检，但不得冲抵下年度个人应缴纳的参加新农合费用。
门诊补偿采取门诊统筹时，补偿基金应以乡（镇）为独立核算单位，参加新农合农民的门诊就医应以乡（镇）、村两级定点医疗机构为主。每次就医补偿比例一般为20～30%。同时，需对每次就医补偿和年度累计补偿分别设置封顶线。
（2）住院补偿。
起付线设置：采用梯级起付的方式，不同级别的定点医疗机构设置不同标准的住院补偿起付线。目前，一般设立四级起付线，其中；乡（镇）定点医疗机构为50～80元，县（市、区）定点医疗机构为200～380元，县（市、区）外定点医疗机构为400～600元。起付线以下为个人自付部分。对参加新农合农民在一年内患同一种疾病连续转院治疗的，可只计算其中最高级别医院的一次起付线。农村五保户、低保户、特困优抚对象取消住院起付线标准。
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