2、企业所得税在国税征管的，分两种情况处理：
（1）纯营业税户：先到地税主管税务机关办理注销，再到国税主管税务机关办理注销。
（2）其他户：先到国税主管税务机关申请注销，对在注销检查中查补增值税、消费税的纳税人，国税主管税务机关应查验相应的城建税、教育费附加完税凭证并取得复印件后，方可进行所得税清算，同意注销后，纳税人再到地税主管税务机关办理注销。
（3）个体工商户、个人独资、合伙企业一律先到国税主管税务机关办理注销，再到地税主管税务机关办理注销。
（4）税务登记证件由先受理注销申请的税务机关收取，其他证件由发放证件税务机关收取。收取税务登记证件的税务机关应向纳税人出具已收取证件的书面联系单或证明，由纳税人交对方留存。
（二）纳税人注销后又凭原营业执照申请办理税务登记的，主管税务机关须要求纳税人报送书面的申请报告，经主管税务机关调查核实、集体合议后决定是否同意纳税人恢复税务登记。凡同意恢复登记的，重新核发税务登记证件，同时主管税务机关必须将其列入重点监控对象，纳税人所有资格必须按纳税人申请的流程进行重新认定。恢复税务登记后，国、地税纳税人识别号必须确保一致。
（三）纳税人申请国、地税一方注销的，由注销的税务机关收取联办的税务登记证件，同时应向纳税人出具已收取证件的书面联系单或证明，由纳税人向对方申请重新领取只加盖对方章戳的税务登记证件。
（四）除个体工商户外，凡领购发票户、企业所得税汇算清缴户和欠税户申请注销税务登记的，必须实施税务检查。上述税户因特殊情况不实施税务检查的，经各区（县、分）局分管局长批准，可以实施注销稽核。
四、加强非正常户的管理
（一）提高实地核查的工作质量。对非正常户认定前必须经过实地核查，并通过多方渠道查找仍不能找到纳税人的，才可以认定为非正常户。
1、对电话、网上申报界面提醒等方式无法查找的未申报户，要实地核查经营地和注册地的现场，必要时可以通过街道、公安办进一步核实企业情况，确定企业是否实际走逃，并出具核查报告存档。
2、对实地无法查找的，通过企业经营房屋的产权单位、社区或法定代表人居住地了解企业去向和企业相关人员信息，对经营场所的房屋所有权人与法定代表人或纳税人一致的，原则上不得认定为非正常户。
3、建立同级国、地税机关间的非正常户管理联系机制。国、地税主管税务机关在非正常户认定前，应对拟认定非正常户的共管户定期传递信息，并进行比对，凡一方税务机关未认定为非正常户的，另一方也不得认定，确保管理一致性。
4、在认定非正常户之前必须按照其法人代表信息在信息系统中查找是否有多头注册企业，若其中有正常户情况的，一经发现不得认定，必须联系多头注册的正常户主管税务机关，由该主管税务机关负责通知企业法人代表到拟认定非正常户的主管税务机关接受处理。对企业法人代表拒不配合或者故意拖延的，正常户的主管税务机关应严格控制正常户的发票领购量。两个税务机关之间要加强信息的沟通，及时将处理情况反馈给对方。
