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（1）陆生植被。
评价区植被共分常绿针叶林、落叶阔叶林、常绿针叶落叶阔叶林、常绿阔叶灌丛、落叶阔叶灌丛、亚高山草甸6个类型，12个群系。
流域内无国家重点保护植物。据《西藏珍稀、濒危保护植物名录》，扎曲流域及昌都县海拔2700～4300m的灌丛区域，分布有省级重点保护植物――鬼臼科植物桃儿七，但本次规划环评的野外生态调查中未发现。
此外，规划的果多梯级坝址附近分布有古大树（藏川杨）三株；评价区中扎曲与热曲交汇处的河滩与周边山地上自然分布有西藏特有植物蝶形花科冬麻豆属植物冬麻豆，为单属单种，生长于沙滩、干旱石山坡地。
（2）陆生动物。
主要根据收集既有资料分析，评价区分布有陆生脊椎动物82种，其中：
两栖动物5种，隶属1目3科4属；爬行类动物2种，隶属2目2科2属；无国家级、自治区级重点保护野生动物及珍稀濒危动物。
鸟类52种，隶属6目16科（其中鹟科含4亚科）36属。其中有国家Ⅰ级重点保护动物1种（胡秃鹫），占全部鸟类种数的1.92%；有国家Ⅱ级重点保护动物5种（苍鹰、黑鸢、 雀鹰、藏雪鸡、藏马鸡、血雉），占全部鸟类种数的9.62%；无自治区级重点保护鸟类。
哺乳动物23种，隶属6目12科17属。其中有国家Ⅰ级重点保护野生动物1种（金钱豹），占全部哺乳动物种数的4.35%；国家Ⅱ级重点保护野生动物8种（猕猴、豺、黑熊、小熊猫、石貂、金猫、鬣羚、豹猫），占全部哺乳动物种数的34.8%；无自治区级重点保护野生哺乳类动物。
根据评价区范围的现场调查分析，实际现存的陆生动物种数量可能远小于既有资料统计的数量。从一些重点物种的分布状况来看，至少一些过去曾经有过的国家重点保护动物目前在实施规划方案可能影响的区域已经没有分布。
（3）水生生物。
在本次规划环评设置的6个调查采样断面中，藻类植物较为丰富，种类较多，隶属4门32属；水生维管束植物在调查中未发现；水生无脊椎动物的种类较少，个体密度和生物量也较低。
规划河段及评价水域土著鱼类资源的特点是鱼类种类少，数量也不多，主要由鲤形目鱼类和鲇形目鱼类组成。鲤形目鱼类的种类最多，共有5种，占约区域鱼类总种数的83.33%；鲇形目鱼类仅有1种，占约区域鱼类总种数的16.67%。评价河段内共有鱼类6种，隶属2目3科（含2亚科）5属，共分为三大类，即裂腹鱼类、条鳅类和鮡科类。
在评价河段内未分布有珍稀、重点保护及特有的鱼类，也没有长距离洄游鱼类的分布。
（二）区域社会环境概况。
规划河段涉及地区民族构成以藏族为主。受自然条件制约，区域经济发展较为落后，以传统的农业、畜牧业生产为主，工业十分薄弱。土地利用以林草地为主。水资源利用程度很低。影响地区经济社会发展的主要因素为：自然灾害频繁；自然生态环境脆弱、生存条件差；人口增长对生态环境的压力不断增大；交通、能源等基础设施薄弱；文化、教育、科技落后、思想观念落后等。
（三）区域环境敏感保护目标。
1．社会环境保护目标。
保护当地民族文化与宗教信仰，避免对民族、宗教文化的破坏。通过科学、合理的资源开发和配置，协调好工程移民安置与环境保护的关系，从源头上减少移民数量，并提高移民和当地居民生活水平，改善居住环境，使得少数民族的风俗习惯和文化传统得以传承。
2．饮用水源。
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