专用港区共14个功能区，有羊屿专用码头区、刣鸡澳专用海区、汕头专用码头区、遮浪专用海区、捷胜专用海区、新湾专用码头区、蛇头湾专用码头区、唐家专用码头区、古井官冲专用码头区、三洲专用海区、下川专用海区、大迳专用码头区、南井专用港区、坡头专用海区。
（二）航道区35条，功能区面积共23417.7公顷。
重点航道区共15个，有汕头湾港区航道、广澳港区航道、汕尾港航道、马鞭洲进港航道、惠州东航道、惠州港航道、大鹏湾航道、深圳东部航道、深圳西部航道、广州港航道、珠海港航道、台山电厂航道、茂名港航道、湛江港航道、海安港航道。
其他航道区共20个，有潮州港航道、南澳北航道、海门航道、甲子港航道、榕江航道、惠来电厂航道、长沙湾水道、乌坎港航道、虎门轮渡航道、九州港航道、洪湾航道银洲湖航道、黄茅海航道、广海港航道、沙堤港航道、三洲航道、下川航道、镇海湾水道、阳江港航道、流沙港航道。
（三）锚地区166个，功能区面积共193122.7公顷。
重点锚地区共58个，有华丰5万吨级液化气码头专用泊区、汕头港第一引航锚地、汕头外港锚地、碣石港引航检疫锚地、碣石港过驳锚地、碣石港大型船舶临时避风锚地、遮浪港引航检疫锚地、汕尾港过驳锚地、汕尾港大型船舶临时避风锚地、汕尾港引航锚地、盐田港1号锚地、盐田港2号锚地、盐田港3号锚地、盐田港4号锚地、大屿山1号锚地、大屿山2号锚地、沙角10号锚地、沙角11号锚地、沙角12号锚地、矾石水道浅水船舶防台泊区、龙穴水道浅水船舶防台2号锚地、二洲岛以北石油钻井平台和船舶临时停泊锚地、担杆列岛超大型船舶作业锚地、外伶仃岛以北石油钻井平台和船舶临时停泊锚地、珠江口石油钻探船舶避风锚地、大坦尾引航锚地、三门岛以南石油钻井平台和船舶临时停泊锚地、珠江口外轮避风1号锚地、珠江口外轮避风2号锚地、珠江口外轮避风4号锚地、三门岛装卸1号锚地、三门岛装卸2号锚地、珠江口大型船舶引航和防台锚地、桂山装卸作业第二区锚地、桂山引航锚地、珠海头洲候潮和过驳锚地、万倾沙和横门液化气船清道护航锚地、东澳岛和万山岛危险货物过驳锚地、高栏检疫锚地、珠海港1号锚地、大襟锚地、青栏头锚地、漭洲锚地、阳江港2号中型船舶候潮锚地、阳江港2号大型船舶候潮锚地、阳江港大型船舶候装卸锚地、阳江港装运危险品货物备用1号锚地、阳江港装运危险品货物备用2号锚地、阳江港1号中型船舶候潮锚地、阳江港1号大型船舶候潮锚地、茂名北山岭港区30万吨级单浮引航锚地、茂名北山岭港区30万吨级单浮待泊锚地、茂名北山岭港区30万吨级单浮检疫锚地、茂名北山岭港区25万吨级单浮引航锚地、茂名北山岭港区25万吨级单浮待泊锚地、茂名北山岭港区25万吨级单浮检疫锚地、茂名北山岭港区过驳锚地、茂名水东港4号锚地。
其他锚地区共108个，有三百门引航锚地、三百门装运危险品货物锚地、三百门过驳锚地、三百门1号避风浮筒、三百门2号避风浮筒、三百门海鲜运输锚地、广澳湾锚地、神泉港港口锚地、神泉港港外综合锚地、甲子港引航检疫锚地、乌坎港引航检疫锚地、汕尾港装运危险货物船舶锚地、汕尾港检疫锚地、鮜门港检疫锚地、鮜门港装运危险货物船舶锚地、惠州港1号锚地、惠州港2号锚地、惠州港3号锚地、惠州港4号锚地、惠州港5号锚地、惠州港6号锚地、惠州港7号锚地、惠州港8号锚地、惠州港9号锚地、惠州港10号锚地、坭洲头1号锚地、坭洲头2号锚地、坭洲头3号锚地、坭洲头4号锚地、坭洲头5号锚地、坭洲头6号锚地、坭洲头东1号防台锚地、坭洲头东2号防台锚地、坭洲1号浮筒过驳作业船候泊锚地、坭洲2号浮筒过驳作业船候泊锚地、坭洲头西防台备用锚地、沙角1号锚地、沙角2号锚地、沙角3号锚地、沙角4号锚地、沙角5号锚地、沙角6号锚地、沙角7号锚地、沙角8号锚地、沙角9号锚地、沙角13号锚地、沙角14号锚地、沙角15号锚地、沙角16号锚地、沙角17号锚地、沙角18号锚地、沙角19号锚地、沙角20号锚地、龙穴水道浅水船舶防台1号锚地、沙角浅水东防台备用锚地、舢板洲沙角浅水东1号锚地、舢板洲沙角浅水东2号锚地、舢板洲沙角浅水西1号锚地、舢板洲沙角浅水西2号锚地、舢板洲沙角浅水西3号锚地、舢板洲沙角浅水西4号锚地、舢板洲沙角浅水西5号锚地、舢板洲沙角浅水西6号锚地、舢板洲沙角浅水西7号锚地、大虎岛1号锚地、大虎岛2号锚地、大虎岛3号锚地、大虎岛4号锚地、大小虎岛间1号防台备用锚地、大小虎岛间2号防台备用锚地、二虎1号油船候泊锚地、二虎2号油船候泊锚地、小虎西防台备用锚地、莲花山4号锚地、莲花山5号锚地、大濠洲1号锚地、新沙救助船防台1号锚地、新沙救助船防台2号锚地、新沙航测船防台锚地、横沥和桂洲液化气船清道护航锚地、万山港口岸外伶仃作业锚地、外伶仃作业区引航锚地、内伶仃1号锚地、内伶仃2号锚地、万山港万山口岸装卸作业锚地、珠海头洲引航锚地、唐家危险品锚地、珠海港澳小型船舶引航锚地、洪湾口液化气临时停泊锚地、香洲港外锚地、珠海港2号锚地、珠海港临时油气锚地、阳江港港内1号锚地、阳江港港内2号锚地、阳江港港内3号锚地、阳江港港内4号锚地、阳江港港内5号锚地、阳江港引航检疫锚地、阳江港装运危险品货物船舶锚地、茂名博贺港区1号锚地、茂名博贺港区2号锚地、茂名博贺港区3号锚地、茂名水东港1号锚地、茂名水东港2号锚地、茂名水东港3号锚地、湛江港超大型油轮过驳锚地、湛江港大型船舶锚地、湛江港候潮引航锚地。
第十三条 业资源利用和养护区划定381个功能区。
（一）渔港区89个，功能区面积共6482.公顷。
属于国家、省重点建设的渔港共40个，有柘林渔港、三百门渔港、海山渔港、云澳渔港、靖海渔港、地都渔港、神泉渔港、甲子渔港、碣石渔港、汕尾渔港、马宫渔港、鮜门渔港、小漠渔港、港口渔港、新湾渔港、新垦渔港、莲花山渔港、崖门渔港、沙堤渔港、横山渔港、东平渔港、对岸渔港、闸坡渔港、溪头渔港、河北渔港、沙扒渔港、东山渔港、博贺渔港、水东渔港、博茂渔港、北潭渔港、江洪渔港、外罗渔港、通明渔港、流沙渔港、乌石渔港、海康渔港、龙头沙渔港、草潭渔港、企水渔港。
其他渔港共49个，即前江渔港、后江渔港、北港渔港、坝头渔港、南港渔港、广澳渔港、达濠渔港、汕头渔业基地码头区、古埕渔港、资深渔港、澳角渔港、湖东渔港、金厢渔港、大湖渔港、霞涌渔港、北扣渔港、澳头渔港、南澳渔港、沙鱼涌渔港、盐田渔港、蛇口渔港、宝安渔港和公务舱用海区、沙田先锋渔港、十九涌渔港、横门渔港、担杆头渔港、外伶仃岛渔港、庙湾渔港、桂山渔港、万山渔港、东澳渔港、湾仔渔港、白藤头渔港、南水渔港、荷包渔港、广海渔港、北津渔港、青草渡渔船避风停泊区、港门渔港、乐民渔船避风停泊区、硇洲渔港、调顺渔业基地、黄略渔港、三吉渔港、海安渔港、南渡河口渔船避风停泊区、仕尾渔港、营仔渔港、水尾渔港。
（二）养殖区113个，功能区面积共128783.公顷，不包括海水池塘养殖区和大量因个体面积小而在省级区划中未反映的养殖区域。部分贝类养殖区与贝类增殖区重叠用海。至2010年，海水养殖总面积将达到25万公顷。
重点养殖区共46个，港湾养殖有金厢角鲍鱼养殖基地用海区、翠亨港湾养殖区、都斛港湾养殖区、赤溪港湾养殖区、南边滩港湾养殖区、汶村港湾养殖区、埠场港湾养殖区、大垌港湾养殖区；滩涂养殖区有澄海滩涂养殖区、牛田洋滩涂养殖区、白沙湖滩涂养殖区、梅陇滩涂养殖区、考洲洋滩涂养殖区、范和港滩涂养殖区、大亚湾珍珠养殖区、长沙湾滩涂养殖区、北山滩涂养殖区、横琴岛南部滩涂养殖区、赤溪东部滩涂养殖区、广海湾滩涂养殖区、南边滩滩涂养殖区、海陵堤东滩涂养殖区、北汀湾滩涂养殖区、儒洞滩涂养殖区、大榜-鸡打港滩涂养殖区、博贺滩涂养殖区、雷打沙滩涂养殖区、附城滩涂养殖区、遂溪北部滩涂养殖区、龙头沙滩涂养殖区、草潭-港门滩涂养殖区、三丫港滩涂养殖区、乐民-江洪滩涂养殖区、徐闻珍珠贝养殖区、覃斗珍珠贝养殖区、企水珍珠贝养殖区、流沙港珍珠贝养殖区；浅海养殖有大埕湾西施舌养殖区、柘林湾浅海养殖区、考洲洋浅海养殖区、草堂湾浅海养殖区、上川岛北部浅海养殖区、上川岛南部浅海养殖区、独湾浅海养殖区、下川岛北部浅海养殖区、大角海浅海养殖区。
