根据上述职责，市港口管理局内设4个职能科（室）。
（一）办公室
负责文秘、档案、信息、信访、保密、调研、行政后勤、安全保卫等管理事务；负责公章、业务专用章的管理；负责财务、审计、基本建设和固定资产管理；负责党务、纪检监察、政治思想、宣传教育、精神文明、综合管理、工青妇及计划生育工作；负责人事、劳资、考核、奖惩、培训、社保和离退休人员管理的工作等。
（二）规划建设科（总工室）
负责组织编制港口总体规划和港区、作业区控制性详细规划；负责规划港区内港口建设项目用地及岸线的统一管理；负责规划港区内港口基础设施的统一开发、建设和管理；负责对港口建设项目实施监督管理；负责港口公共基础设施的登记、备案工作等。
（三）港务管理科
负责受理港口经营许可工作；负责港口经营的行业管理工作；负责港口规费的征收管理工作；汇集、统计、上报港口有关数据和台帐；负责对港口从业人员的技术培训、考核和发证工作；负责港口调度及引航的监督管理；负责重大业务活动港口运输的组织协调工作；负责组织实施港口重点物资、军事战备、防洪抢险紧急运输工作；负责港口地方性法规、规章、政府规范性文件的起草、论证、修改及报批工作；负责开展港口政策课题调研；负责港口法律、法规、规章的宣传等。
（四）安全技术科
负责港口建设项目安全监督管理；负责港口安全评价管理工作；负责危险货物港口作业资质认定和年度审验工作；负责港口装卸、过驳、储存、包装危险货物和对危险货物集装箱进行装拆箱等作业的申报及现场监督管理工作；负责对港口企业安全生产情况实施监督管理；负责港口设施保安工作；负责港口节能、环保工作等。
三、人员编制及领导职数
市港口管理局机关行政编制21名。核定后勤服务人员数2名，按辅助类合同制职员管理。
市港口管理局领导职数4名，其中，局长1名，副局长2名，总工程师1名（副处级）。科长（主任）4名，副科长（副主任）3名。
四、经费形式
市财政核拨。
五、下属单位
将市交通局下属事业单位“珠海港引航站（珠海市港口管理站）”整体划转到市港口管理局，其人员同时划转；将“珠海港引航站（珠海市港口管理站）”分设为“珠海港引航站”和“珠海市港口管理站”两个单位，为市港口管理局下属事业单位。
