第三阶段：依法处理阶段（2008年7月1日--11月10日）。在调查摸底的基础上，清理整顿土地市场秩序领导小组要依法办事，根据有关政策和法律法规，结合我市实际，严格按照“三严”标准，将查出的土地违法行为依法进行严肃处理。
第四阶段：总结验收阶段（2008年11月11日--11月15日）。领导小组要认真回顾总结土地清理整顿工作，对我市土地市场存在的违法问题进行体制上、机制上的反思和查缺补漏。有关部门既要在服务我市经济可持续发展上想办法、找策略，又要在严把“三关”上形成一个节约集约用地的长效机制。建立行之有效的项目立项、项目规划设计、国土资源供地审批制度及工作流程，使之更好地促进我市经济又好又快发展。
四、组织领导和分工
为了加强对清理整顿土地市场秩序工作的组织领导，成立了嘉峪关市清理整顿土地市场秩序领导小组（领导小组名单附后），具体研究解决在清理整顿土地市场秩序工作过程中的重大事项。清理整顿土地市场秩序工作分四个小组：
第一组，为工业园区内的清理整顿土地市场秩序工作组，由市工业园区管委会办公室负责，组长李亦军，副组长杨树武；
第二组，为城市规划区内（环城铁路以内）的清理整顿土地市场秩序工作组，由市城市规划局负责，组长王若健，副组长于加关；
第三组，为各镇及城乡结合部的清理整顿土地市场秩序工作组，由市国土资源局负责，组长马旻，副组长 高志峰；
第四组，为镜铁西路两侧重点用地单位的清理整顿土地市场秩序工作组，由市城建监察支队负责，组长张韶武，副组长毕庶峰。
以上四个小组实行分片包干，责任到人的工作制度。
五、工作要求
在这次清理整顿土地市场秩序工作中，各相关成员单位要以认真负责、严格执法的态度对待此项工作，本着“尊重历史、面对现实、敢于碰硬、讲究方法”的原则，开展清理整顿工作。
（一）对于工业园区、城市规划区、各镇及城乡结合部等三个区域，清理整顿土地市场秩序要以“三查”做好调查摸底，以“三严”处理闲置土地，以“三关”整建集约用地的长效机制。
“三查”做好调查摸底，即：查其建设项目立项批复，查其规划、土地手续完备，查其实际开发强度。（1）通过对其立项批复的检查，审核用地户建设投资期时间，审核有无擅自扩展其他开发项目，审核有无擅自改变主体开发项目；（2）通过对其规划、土地的检查，审核规划和土地手续是否完备，审核是否存在批少占多的超占情况，审核有无擅自改变规划、土地用途；（3）通过查其实际开发强度，审核其有无实力在规定时间内建设项目，审核其闲置土地存量，审核其实际投资量。“三查”工作是开展清理整顿土地市场秩序工作的基础工作，也是一个重要环节，对于严格执行法律法规、严格掌握政策界限、稳妥处理闲置土地有着重要作用。
