高速公路跟踪审计要优先服务于工程进度和工程质量，要严格执行施工合同计量支付承诺条款。为确保工程计量款的及时支付和工程进度，原则上实行跟踪审计计量支付后审制度，即：审计单位在每月正常计量支付程序后，再定期进行跟踪审计，审计核减（增）款项在下一期计量支付中调整扣回；对资料不齐全的重大变更计量和有争议的中期计量可实行预付款制度，待终期计量支付或竣工决算时再予一并审计，不影响施工合同的执行和正常工程进度。
跟踪审计必须进行必要的现场踏勘和实地调查，提高跟踪审计的质量和效果，防止不熟悉情况而导致审计结果失真。不能把跟踪审计简单地理解为审计人员驻地跟踪项目建设全过程，这会大大增加审计成本，降低审计效率，同时也会与驻地监理产生不必要的重复监督。跟踪审计应牢牢把握建设过程关键点，变全天候的跟踪为“关键环节”的跟踪，才能达到事半功倍的效果。
三、完善审计沟通、核对机制，合理确定审计付费标准
审计机构应建立健全与施工单位等被审计单位之间的沟通机制、协商机制，阳光操作、公平公正，妥善解决跟踪审计中遇到的各种问题。对跟踪审计过程中出具的审核（审计）意见，要充分征求施工单位等被审计单位的意见；工程结算（决算）价款审核，要严格遵守《
会计师事务所从事基本建设工程预算、结算、决算审核暂行办法》等规定的审计程序，履行必要的核对、签字手续，有效防范审计法律纠纷。
高速公路跟踪审计费用应参照省物价局《浙江省建筑工程咨询服务收费管理办法》（浙价服〔2001〕262号）规定的竣工决算标准协商确定，并在审计合同中明确。建设单位应充分考虑跟踪审计工作量，以确保审计质量为前提，工程审计基本费部分可参照省物价局浙价服〔2001〕262号文规定标准适度上浮，不提倡低价竞争；工程审计效益费应参照省物价局浙价服〔2001〕262号文规定标准执行，对核减额未超过5%部分，不得计提审计核减效益费。
四、明确工程尾款保留比例
高速公路、公路“四自”工程等省重点交通建设项目竣工决算（含竣工工程价款结算、决算审计，竣工财务决算）审计、审批必须由省级审计、交通主管部门组织进行，不属于跟踪审计委托范畴。为确保工程计量及时、合理支付，并严格执行“建设项目未经审计，不得付清工程尾款，不得办理竣工验收手续，不得报批竣工决算”等有关规定，今后，交通建设项目原则上在终期计量支付结束、工程变更已基本审批的情况下，保留10%左右的工程尾款（含5%工程缺陷期质量保证金），以备支付竣工决算审计核减等原因调整的工程款。如因建设单位原因导致项目竣工决算审计、审批认定工作拖延、滞后，或致使审计核减调整工程款不能收回的，责任由建设单位自行承担。
