设立起付线和封顶线。住院医药费报销的起付线为一级医院100元，二级医院300元，三级医院600元，封顶线统一为12000元。
在一级医院住院的参合农民，因病情需要由一级医院出具转诊证明转至二级医院进一步治疗的，取消二级医院起付线。
对五保户、低保户、特困残疾人住院实行零起付。
第二十八条 五保户、特困残疾人住院免收住院押金。
第二十九条 补偿标准
基金补偿总的原则是：以收定支、量入为出、收支平衡、保障适度、实行分级按固定比例补偿。
参合农民在定点医疗机构就诊时，所发生的符合补偿规定范围的医疗费用，按以下标准进行补偿，即一级医院补偿进入合作医疗范围总费用的55%，二级医院45%，三级医院35%。外出人员住院按在本市同等补偿标准的50%报销，并实行单病种医疗费总量控制。
第三十条 实行积分制。凡参加合作医疗的家庭记100分，未享受合作医疗共济帐户补助的家庭，每年加100分。当积分累计达到300分以上（含300分）的家庭，其成员住院补偿标准在原基础上提高2%，积分累计达到600分以上（含600分）时提高5%。积分采取连续计算方式，间断后不能累积。封顶线不变。
第三十一条 合作医疗基金实行保底制。在封顶线不变的情况下，参合农民每次住院所获得的医疗费用补偿达不到实际支出费用的20%时，按照20%的比率给予补偿。
第三十二条 为充分发挥中医药的作用，对中药饮片、针灸、推拿、拔罐等中医适宜技术的报销比例在原基础上提高10%。
第三十三条 国产心脏瓣膜费、国产人工关节、国产人工晶体费按30%的比例给予报销。
第三十四条 基金的补偿程序和方法
（一）参加合作医疗的农民因病在本市定点医疗机构住院，住院医药费用在出院时直接给予核销。市、区合管办定期进行监督、审核。
（二）外出人员住院医药费用的补偿。凭本人有效证件、所在村级证明和外地二级以上非营利医疗机构的正规发票、医药费用清单和病历复印件等，到区合管办申请审核报销，区合管办应在规定时间内审批结付。
