第十六条 合作医疗基金实行财政专户管理，专款专用，不得挤占挪用。市合管办要建立健全基金预决算制度、内部财务会计制度和审计制度。
第十七条 市合管办要按照“以收定支、做好计划”的原则认真编写合作医疗资金年度预算，送市卫生局、财政局审核后，报市人民政府批准。年度终末要及时编制合作医疗基金年度决算，报市合管委审核，并接受市财政局、审计局的检查和监督。
第十八条 合作医疗基金实行区统筹，总量控制，超支不补，节余转存的办法。
第十九条 参合农民的一切住院费用由接诊医疗机构填写清单，并由患者本人或其家属签字。凡未经患者本人或其家属签字的医疗费用，不予补偿。
第四章 基金的分配和使用
第二十条 基金的分配
新型农村合作医疗基金分：门诊基金、住院基金和风险储备基金三部分。
（一）门诊基金：按年人均12元提取。用于参合农民因病在门诊就医医药费用的补偿。超支不补，节余滚存。
（二）住院基金：按年人均41-46元提取。主要用于参合农民大病住院医药费用的补偿。
（三）风险储备基金：按年人均4元提取。主要用于参合农民住院医药费用补偿超过最高封顶线以上，但仍然造成因病致贫、因病返贫的救助；用于合作医疗基金的财务透支和传染性疾病大流行等意外情况的应急。上年度合作医疗基金结余原则上按30%的比例转入下一年度合作医疗基金的风险储备基金中使用。
第二十一条 新型农村合作医疗原则上使用《海南省社会医疗保险药品目录（甲类）》所规定的药品。如确有需要，市合管办可根据实际情况适当增加药品品种。
第二十二条 为进一步提高婚前检查率，将婚检纳入补偿范畴，补偿标准为每人次50元。
第二十三条 为进一步提高住院分娩率，确保孕产妇的安全，凡符合计划生育政策的住院分娩产妇，每人次给予定额补偿100元。
