镇合管委下设办公室（简称镇合管办），办公室设在镇政府。其职责是：负责参合农民个人缴费款的筹集；负责合作医疗证的核发和医药费用的审核；监督医疗卫生服务质量；执行省、市、区合管委各项管理规章制度；督促信息管理系统发挥作用；处理日常工作；完成省、市、区合管办交给的其他工作。
第九条 新型农村合作医疗定点机构设立新型农村合作医疗管理站（简称合管站），负责医疗费用的初审和门诊参合农民的管理。
第十条 各村委会相应成立新型农村合作医疗管理小组（简称合管组），主要职责是：协助收缴参合农民个人筹资款；收集并公开有关信息；监督参合农民的就医行为。
第十一条 各级新型农村合作医疗管理机构工作人员由各级政府调剂解决，工作人员的工资和办公经费列入同级财政预算，不得从合作医疗基金中提取。
第三章 基金的筹集与管理
第十二条 新型农村合作医疗基金实行农民个人缴费，集体适当扶持，省、市、区财政补助的筹资机制。鼓励、倡导集体经济组织、社会团体和个人扶持资助新型农村合作医疗。
第十三条 筹资时间
每年的筹资时间定为6-7月，农民交纳参合资金后，从8月1日起享受合作医疗补偿至次年7 月31日。
第十四条 筹资水平
（一）农民个人缴费按年人均10元收取。
（二）省财政按年人均补助12元，市财政按年人均补助20元，区财政按年人均补助15-20元。
（三）农村五保户、低保家庭和特困残疾人等困难群体，其合作医疗个人出资部分由各镇民政办统计上报市、区民政局、残疾人联合会，汇总后由市、区按50%的比例分担，列入财政预算解决。农村独生子女、纯二女结扎户等符合计划生育政策的农户，其父母及子女的合作医疗个人出资部分由各镇计生办统计上报区财政局，汇总后由市、区按50%的比例分担。
第十五条 筹资方式
委托农税部门收缴农民个人交纳的合作医疗基金，并出具由海南省财政厅统一印制的“海南省政府非税收入一般缴款书--新型农村合作医疗基金收款收据”，医疗基金及时存入“新型农村合作医疗基金财政专户”。
