认真贯彻预防为主、防治结合的卫生工作方针，加强新农合制度与农村公共卫生服务的衔接。在落实公共卫生补助经费的基础上，积极探索新农合制度与农村公共卫生服务协调推进的工作机制。
三、加强基金管理，健全总额控制机制
根据国家《新型农村合作医疗基金财务制度》和《新型农村医疗基金会计制度》的要求，在坚持新农合基金由区县（自治县）统一管理的前提下，按照“专户储存，封闭运行；县级统筹，乡镇协管；总量控制，超支分担；额度调剂，节余统筹”的原则，健全新农合基金总额控制，分级管理机制。
（一）合理分配基金使用额度
根据乡镇参合人数、人均门诊医疗补助基金标准测算，确定年门诊补偿基金使用额度；按乡镇参合人数、卫生院次均住院费用、补偿比例、住院率及保险因子测算确定年住院基金使用额度。
（二）科学调剂基金使用额度
区县（自治县）范围内，参合农民在户籍地以外的乡镇定点医疗机构发生的医药补偿费用，由区县（自治县）合管办（中心）定期从其户籍所在乡镇的基金使用额度中扣减，纳入发生医药补偿费用乡镇的基金使用额度。各乡镇当年节余的基金使用额度由区县（自治县）合管办（中心）于次年统筹安排使用。区县（自治县）合管办（中心）要定期公布参合农民额度扣减信息，促进定点医疗机构开展良性竞争，改善服务质量和服务态度。
（三）基金额度实行分级管理
区县（自治县）合管办（中心）负责新农合基金的管理和监督，乡镇政府负责对本区域内定点医疗机构新农合基金使用情况进行监督。定点医疗机构在基金使用额度内使用新农合门诊和住院基金。如果乡镇基金使用额度出现超支，则由区县（自治县）人民政府、区县（自治县）新农合统筹基金和定点医疗机构按比例分担。其中，定点医疗机构为超支责任的主要承担者。
（四）切实提高基金使用效率
基金使用效率是体现参合农民受益最大化、基金风险最小化原则的重要指标，主要包括新农合运行年度内参合农民受益面、基金使用进度、平均门诊和住院费用增长幅度、参合农民实际补偿率等。各区县（自治县）在新农合方案设计、基金使用和管理过程中，要努力扩大参合农民受益面。遵循以收定支、收支平衡、略有结余的原则。统筹基金累计结余一般不超过当年筹集的统筹基金总额的25％，其中，当年统筹基金结余一般不超过当年筹集的统筹基金总额的15％（含风险基金）。要控制医药费用不合理增长，把平均医药费用增长幅度控制在上年农民人均纯收入增长幅度以下，着力提高参合农民实际补偿率。
