①起付线：乡镇卫生院100元；县区医院300元；市级医院800元；省级医院1500元。
②补偿比例：符合补偿范围内的医药费，乡镇卫生院不低于80％；县区医院不低于70％；市级医院不低于60％；省级医院不低于50％。
③封顶线：乡镇卫生院2000元；县区医院5000元；市级医院20000元；省级医院30000元。
④大病补助：经合作医疗基金补偿后，参合农民住院医药费仍超出10000元以上的部分，按40％给予大病补助，最高补助2万元。
一年内多次住院治疗的，按同级医疗机构补偿标准报销医药费，累计最高补偿5万元。一年内患同一种疾病连续转院治疗的，只计算其中最高级别医院的一次起付线。
5、特殊情况住院医药费补偿。
①对一年以上未住院的参合农户，建立年度累计积分优惠补偿制度。每满1年积2分，同级医疗机构住院补偿比例提高2个百分点；累计积分达到
10分，同级医疗机构补偿比例提高10 个百分点。
②农村五保户、低保户、特困户住院治疗，凭相关证件和合作医疗证免除住院补偿起付线。
③孕产妇住院正常分娩给予定额补助300元，孕产妇住院病理性分娩的按补偿标准补助医药费。开展“降低孕产妇死亡率和消除新生儿破伤风项目”的县，先执行项目补助政策，再按规定给予合作医疗定额补助。合计补助数不得超过实际住院医药费。
④参合农民外出务工期间因病住院发生的医药费，由户口所在地的乡镇定点医疗机构按住院同级医疗机构补偿标准审核报销。
⑤参合农民在市、县区中医医院、肃南县民族医院住院治疗，提高中药（中成药）费补偿比例5个百分点。
6、住院统筹基金控制。当年筹集的合作医疗统筹基金使用率达到85%以上，结余率不超过15%，参合农民住院实际补偿比例平均达到60％以上。
7、健康体检。有针对性地对参合农民进行健康体检。合理确定体检人群、体检项目和收费标准。体检费用从家庭门诊账户基金中支付，统筹基金给予适当补助。通过健康体检，有效控制相关传染病、遗传性疾病，降低出生缺陷，提高人口素质，建立农民健康档案。
六、医疗保障与救助制度衔接
加强新农合制度与农村医疗救助制度、济困病床制度的有机结合。农村五保户、低保户、特困户住院治疗按济困病床制度，免收门槛费、床位费，减免住院医药费；出院时再按新农合制度规定对减免后的医药费进行补偿报销。补偿报销后，参合农民住院医药费数额符合大病补助政策的，先按新农合制度规定进行大病补助，再由民政部门按规定给予医疗救助。广泛动员红十字会、慈善机构和企事业单位等社会力量，多渠道筹集医疗救助资金，提高农村医疗救助水平。
