自然人股东部分转让所持有的股权的，转让股权的计税成本按转让比例确定。
转让部分股权的计税成本＝全部股权的计税成本×转让比例。
第十二条 自然人股东股权转让完成后，转让方个人因受让方未按规定期限支付价款而取得的违约金收入，属于因股权转让而产生的收入。转让方个人取得的该违约金应并入股权转让所得，按照“财产转让所得”项目计算缴纳个人所得税。
自然人股东股权转让合同履行完毕、股权已作变更登记，且所得已经实现的，转让人取得的股权转让所得应当依法缴纳个人所得税。股权转让行为结束后，当事人双方签订并执行解除原股权转让合同、退回股权的协议，是另一次股权转让行为，对前次股权转让行为征收的个人所得税款不予退回。
股权转让合同未履行完毕，因执行仲裁委员会作出的解除股权转让合同及补充协议的裁决、停止执行原股权转让合同，并原价收回已转让股权的，不缴纳个人所得税。
第十三条 自然人股东转让股权应纳的个人所得税按照“财产转让所得”项目缴税，适用20%的比例税率。
股权转让所得应纳个人所得税＝股权转让应纳税所得额×20%。
第十四条 自然人股东申报的股权转让价格有下列情形之一，属明显偏低又无正当理由的，主管地方税务机关应当依法核定征收个人所得税：
（一）股权转让价低于初始投资成本或取得该股权所支付的价款的；
（二）股权转让价低于同一投资企业其他股东同时或大约同时相同或类似条件下股权转让价的；
（三）股权转让收益率低于同期银行存款利率的；
（四）股权转让所得低于最近一期股利分配所得的；
（五）股权转让时投资企业留存收益为正数，股权转让价中没有包含该自然人股东所应享有的份额的，或转让价低于自然人股东应享有的所投资企业所有者权益份额的；
（六）主管地方税务机关依法认定的其他情形。
正当理由是指自然人股东所投资企业最近三年连续亏损，或盈利能力持续下降，或迫于自身偿债等财务方面的压力而转让股权等理由。
第十五条 自然人股东与受让人签订无偿转让股权协议，主管地方税务机关应当深入分析其无偿转让的合理性与可能性，分析其无偿转让股权是否符合理性经济行为及实际情况，调查自然人股东与受让人的关系，分析其无偿转让的动因，并要求自然人股东提供经过法定公证机关公证的无偿转让股权协议。
