清查工作分为三个阶段：
第一阶段，准备阶段（2008年7月 - 8月）
市局于8月15日前成立清查工作小组，制定清查工作方案，按照《北京市地方税务局北京市财政局北京市国土资源局转发国家税务总局财政部国土资源部关于进一步加强土地税收管理工作的通知》》（京地税地〔2008〕86号）的有关要求，做好清查工作所需基础数据的各项准备、数据比对所用软件的开发工作和部分操作培训工作。
区县（分）局于8月20日前成立清查工作小组，制定本辖区的清查工作方案（包括工作进度安排），并报市局备案。同时在8月30之前做好清查工作人员的培训准备工作和宣传工作。
第二阶段，实施阶段（2008年9月- 12月）
区县（分）局按照清查内容和方式的要求，本着“全面比对，重点清查”的工作原则，对辖区内的全部房土税纳税人进行清查。对发现问题可以解决的，应及时解决，做好税源变更登记工作。同时还应做好新登记企业的房土税税源初始登记工作。
市局将在本阶段对部分区县的工作进行抽查，并以2008年12月31日的时点数对各单位的清查工作完成情况和工作质量进行检查。
第三阶段，总结阶段（2009年1月- 2月）
区县（分）局应于2009年1月底前将工作总结上报市局。工作总结内容应包括以下四方面，一是清查工作的组织落实情况，包括全面比对情况、重点清查情况、发生问题比率、问题归类总结；二是辖区房土税税源总体状况，按照总局报送统计表格的要求，认真填写并上报《城镇土地使用税税源信息汇总表》、《分经济类型城镇土地使用税税源信息表》和《分行业城镇土地使用税税源信息表》（见附件）；三是清查工作成效概况，主要包括问题纠正率、未纠正的原因、清查工作对房土税征收管理的影响分析、长效机制的建立等内容；四是清查工作中的问题及工作建议，包括政策问题、征管问题等。
市局拟写北京市清查工作总结报告和汇总报表，并在2009年2月底前上报总局。
六、清查工作要求
（一）加强领导
各单位要充分领会此次房土税税源清查工作的意义，要借此次清查工作，查找、弥补我市房土税税收征管漏洞，进一步提高房土税税收征管水平。
（二）部门配合
市局将与市国土局积极配合，逐步完善数据共享机制，探索数据共享方式，深化数据利用工作。通过建立城镇土地使用税税源数据库，市局将承接国土局共享数据，并在地方税税源监控平台进行回放，为各单位清查工作提供数据基础。
