全省科学和技术发展目标分两阶段实施：
1．第一阶段（2006-2010年）
到2010年，全社会科技投入占全省GDP的比重达到2.0%，全社会R&D经费支出占全省GDP的比重达到1.5%，全省财政科技拨款占财政支出的比重稳定在2.0%以上，其中企业R&D经费支出占全社会R&D经费支出的比重达到50%。
全省专业技术人员总量比2005年提高20%，形成30个以上省级科技创新团队，引进培养省级中青年学术技术带头人和技术创新人才600人；公众科学素养达标率提高到1.5%。
全省重点实验室、工程技术研究中心总数达到35个以上，建成国家级企业技术中心15个、省级企业技术中心120个，州（市）普遍建立地方企业技术中心，实现大型科研仪器协作共用、科技文献资源和科学数据共享；取得一批具有自主知识产权的重大科技成果，专利申请量和授权量年均增长10%以上。
大中型骨干企业创新能力达到全国先进水平，形成在省内外有影响的100户知名企业和100个名牌产品；形成在国内外有影响的60户-80户自主创新型企业，大大提升我省工业企业的综合竞争能力；高新技术产业增加值年均增长20%以上，高新技术工业增加值占全省工业增加值的比重达18%以上，高新技术产品出口额占全省出口总额的比重达30%左右，培育100户年销售收入过亿元的高新技术企业，形成一批年销售收入过亿元的高新技术产品。
社会主义新农村建设取得较大发展，实施以城带乡工程，加快城镇化建设步伐；加快农业技术推广体系建设，深入实施农业科技入户工程，显著提高农业科技转化能力；优势农业产业生产技术和产品处于国内先进水平，形成一批农业产业化龙头企业，特色农产品市场竞争力明显提高。
2．第二阶段（2011-2020年）
到2020年，我省全社会科技投入占全省GDP比重达到2.5%以上，全社会R&D经费支出占全省GDP的比重达到2.0%以上，财政科技投入占财政支出比例达到2.5%以上，科技进步贡献率达到60%。走新型工业化道路，重点产业的技术水平和装备与国际先进水平保持同步，优势领域的关键技术达到国际先进水平，在重要领域具有自主创新能力，实现工业现代化目标；农业科技创新水平大幅度提高，实现农业产业化和现代化；服务业的科技支持能力显著增强，现代服务业对全省经济社会发展形成明显支撑。
（二）总体部署
根据战略选择和发展目标，我省科技发展的总体部署是：
立足云南省情和发展需求，建立和完善符合科学发展观和社会主义市场经济发展要求的自主创新体系。优化资源配置和创新环境，突出经济社会发展重点领域和优势学科，形成结构合理、重点突出的科技发展总体布局。围绕云南省国民经济和社会发展的战略目标，以自主创新为主线，大力加强能力建设。本纲要提出至2020年云南科技发展的4大重点发展方向、15个优先领域，遴选出急需发展、具有云南特色和较好基础、有可能取得突破的38个重大技术群、12个重大基础建设项目、5个重点基础研究内容，实施9大科技专项，构建3大创新体系，提出4个方面的重大政策和措施，为引领和支撑我省经济社会发展，实现云南省全面建设小康社会奋斗目标提供强有力的科技保障。
三、重点发展方向与优先领域
按照统筹安排、整体推进、突出重点、合理布局的原则，筛选出重点发展方向和优先领域并进行规划和布局，推动科技和经济社会持续健康发展。重点发展方向是根据突出政府科技发展目标和职能，结合云南发展实际和需求而确定的，他包含云南产业关键技术和重大共性技术、社会发展、科技基础条件平台、基础科学等4个方面。优先领域是指在上述4个方面中要优先发展的重点，包括重大技术群、重大科技基础建设项目和重点基础研究内容。
（一）产业关键技术和重大共性技术
研究开发产业关键技术和重大共性技术，突破产业重大技术难题，对促进产业技术水平长足进步、推动经济快速发展将产生重大影响。
发展思路：结合云南农业、工业与建筑业、能源与交通、现代服务业、高新技术产业发展的需要，突出对云南支柱和重点产业的科技支撑，重点研究对产业发展和技术进步产生深刻影响、能有效提高生产效率、促进新型工业化进程、具有巨大或潜在经济社会效益的产业关键技术和共性技术，形成自主知识产权，增强核心竞争力；以引进消化吸收再创新和集成创新为主，实现产业技术升级和跨越式发展。
优先领域：
1．农业
突出区域特色，以促进农业优质、高产、高效和食品安全、生态安全为目标，以新品种培育、高效种养技术、重大动植物疫病及有害生物监测、防控技术、节水农业技术、农产品深加工及质量检验检测技术、农业节本增效技术等为重点，加强技术的组装配套和集成创新，力争实现农业关键技术的突破，提高我省农业综合生产能力和产品市场竞争力，加快云南农业现代化进程。
重大技术群：
（1）重要作物良种选育、生产技术及推广
研究细胞工程、基因工程、分子标记辅助等育种技术；水稻、玉米等主要农作物优质、高产、多抗、特用、专用新品种选育及引进繁育；特色小杂粮良种选育与生产；名、特、优、新、稀农产品优质、高效栽培技术；种子产业化关键技术；烟、茶、胶、麻、甘蔗、水果、蔬菜、花卉等良种快繁及种苗工厂化生产等。推广应用优质专用粮及配套技术，农作物高产高效配套栽培技术，野生稻、野生花卉、马铃薯等作物种质资源保护和开发利用，旱作节水农业及测土施肥技术，新型农机技术。
（2）禽畜良种工程
研究重要禽畜优良新品种引进、选育、高效繁育关键技术，云南地方特色家禽品种改良关键技术，优质、高效、低耗奶牛新品种引进、改良、高效繁育关键技术，云南奶水牛、奶山羊品种改良关键技术，云南地方优质外销肉牛品种改良关键技术以及云南地方特色肉羊品种改良关键技术。
（3）主要农产品加工技术
研究粮油麻产品精深加工关键技术及设备，主要林产品加工关键技术及设备，园艺产品贮藏保鲜加工关键技术，糖茶、胶、麻、蚕丝、蔬菜、水果传统加工技术的提升改造；肉、奶制品加工新产品、新技术。
