一般慢性病限定以下10种：①Ⅱ期以上高血压病（含Ⅱ期）；②心脏病并发心功能不全；③饮食控制无效的糖尿病；④失代偿期肝硬化；⑤脑出血、脑梗塞恢复期；⑥慢性支气管炎并发肺气肿、肺心病；⑦再生障碍性贫血；⑧系统性红斑狼疮；⑨类风湿性关节病；⑩精神分裂症。各旗县区也可结合实际作适当调整。慢性病门诊补偿可按月结算也可年底一次性补助。每人年度累计补偿最高为2000元。慢性病人门诊和住院补偿全年累计不得超过封顶线。慢性病具体管理办法由各旗县区结合实际自行制定。
六、实行大病二次补偿
大病二次补偿为住院统筹的调节方案。2008年，在住院统筹基金结余的情况下，采取以参合农牧民患者实际支出医药费用额度（一般为5000-8000元左右）为界定大病的标准。即，对于获得住院统筹一次补偿后，个人承担5000元以上的部分，按比例给予再次补偿。各地可根据参合农牧民患病及住院统筹基金支付情况，具体确定二次补助的起付线、封顶线和补偿比例。总的原则是，经过二次补助调节，年度内住院统筹基金支付率不得低于85%。每年在下一轮新型农村牧区合作医疗筹资前确定并实施大病二次补偿方案，并可同时收缴下一年度农牧民参合资金。
七、建立和完善医疗救助制度
持有证件的农村牧区低保户、五保户参加当地的新农合，个人筹资部分由民政部门给予全额或部分资助，资助资金从民政部门医疗救助基金中支出。对于参加新型农村牧区合作医疗的医疗救助对象患病住院治疗，按新型农村牧区合作医疗规定的报销比例报销后，可向户籍所在地民政部门申请医疗救助。
八、规范合作医疗基金的管理
合作医疗基金必须以旗县区为单位实行专户存储，统一管理，封闭运行。要认真落实和执行农村合作医疗基金财务管理制度和会计制度，健全检查监督制度，有效预防和查处虚报、挪用、截留、套取、贪污合作医疗资金以及造假凭证、作假帐行为。对上级下达的扶持资金和农牧民个人缴纳资金必须在7日内划入专户，旗县区补助资金的1/3必须在元月15日前划入专户，2/3在5月底前划入专户。逾期不划入专户视作挪用。市财政、卫生部门每年要对旗县区级基金的使用情况进行一次检查。市审计部门每年对旗县区级合作医疗基金审计一次。建立健全旗县区级农村合作医疗监督委员会，负责对合作医疗基金的监督检查。合作医疗基金管理实行责任追究制。
