基金分配如下：
㈠设立家庭门诊帐户。具体办法如下：
实行家庭门诊帐户的旗县区，帐户基金按每人每年5元以内提取，主要用于本人及其家庭参合成员的门诊医药费补偿，家庭门诊帐户结余基金结转下年继续使用。建议农牧业人口在10万人以内的旗县不设立家庭门诊帐户，其它旗县区逐步向取消家庭帐户过渡。取消家庭账户的旗县区可以试行门诊统筹。
㈡住院统筹基金：不低于基金总额的85%，主要用于参合农牧民住院患者医药费用补助和大病二次补助。
㈢慢性病补助基金：按每人每年 3元提取，用于慢性病参合患者门诊治疗费补助。其他非住院医疗费用不得使用大病统筹基金（如：正常分娩、婚前医学检查、结核病治疗费等）。
⒋风险基金：按自治区内财社[2005]276号文件规定，2008年，风险基金按每年每个旗县区合作医疗基金总额的3%比例提取，达到年平均筹资总额的10%后不再继续提取。由市财政按照各旗县区计提的风险基金额，直接从市本级财政资助合作医疗资金中扣留，并存入市新型农村牧区合作医疗风险基金专户，按旗县区分别计帐。风险基金由市新型农村牧区合作医疗办公室统一管理，在全市范围内调剂使用。
四、规范住院统筹补偿方案
2008年，全市住院统筹补偿方案，实行统一分段和报销比例，进一步简化费用分段，适度提高报销补偿比例。继续采取分段、按比例报销；设立起付线、封顶线。
就诊医疗机构
| 起付线（元）
| 费用分段
（元）
| 报销比例（%）
| 封顶线（元）
|
一级
（苏木镇卫生院、社区卫生服务机构）
| 50
|
| 65
| 30000
|
二级
（旗县区级医疗机构、市蒙医院）
| 200
| | 55
|
市内三级
| 300
| 300.01-5000.00
| 45
|
5000.00以上
| 50
|
市外三级
| 500
| 500.01-5000.00
| 30
|
5000.01-10000.00
| 35
|
10000.00以上
| 40
|
