财政部门应及时办理基金存储手续，按月与开户银行、经办机构对账；经办机构按月与开户银行（收入户、支出户）对账，保证账账相符、账款相符。
暂付款原则上不允许发生。如发生必须经财政、卫生行政部门共同认定，并定期清理，及时结清。
第三十九条 负债包括基金运行过程中形成的暂收款项等。
暂收款原则上不允许发生。如发生必须经财政、卫生部门共同认定，并定期清理，及时偿还。因债权人等特殊原因确实无法偿付的，经财政部门批准后作为基金的其他收入。
第四十条 发生提高新农合统筹级次及其他特殊情况时，应当对本级基金进行清算。
基金清算前应对基金的财务情况进行清理。基金清算时按照补偿参合农民医药费、支付定点医疗机构垫付的参合农民医药费、支付其他应付款项和暂存款项的顺序进行清偿。基金清算后的余额和基金运行中形成的其他资产、未清偿的债务及有关资料一并转入指定的部门或单位。
第八章 基金决算
第四十一条 年度终了后，经办机构应根据国家和省统一的会计制度规定的表式、时间、内容和要求编制年度基金财务报告。财务报告包括资产负债表、收支表、有关附表及财务情况说明书。
财务情况说明书主要说明和分析基金的年度财务收支及管理情况，对本期或下期财务状况发生重大影响的事项，以及其他需要说明的事项。
经办机构应定期进行基金财务分析。财务分析的主要内容包括基金的筹集和使用情况、预算执行情况、基金财务管理情况等。
编制年度基金财务报告必须做到内容完整、数字真实、计算准确、手续完备、报送及时。
第四十二条 经办机构编制的年度基金财务报告应在规定期限内送卫生行政部门审核并汇总，报同级财政部门审核后，由同级人民政府批准。批准后的年度基金财务报告为基金决算。
第九章 监督与检查
第四十三条 经办机构应按照
财政部颁布的《内部会计控制规范——基本规范（试行）》的要求，建立健全内部控制制度，定期或不定期公布基金收支和结余情况，接受社会监督。
第四十四条 卫生行政部门、财政部门、审计部门等要定期或不定期地对基金收支和结余、基金预算执行和决算情况进行监督检查，发现问题及时纠正，并向同级人民政府和基金监督组织报告。
