1、在办理车辆登记注册前完税证明发生损毁、丢失的，提供的车辆合格证明原件及复印件、遗失声明。车辆合格证明原件经车购税征收机构审核后退还给纳税人，复印件由车购税征收机构留存。
2、在办理车辆登记注册后完税证明发生损毁、丢失的，提供的《机动车行驶证》原件及复印件、遗失声明，《机动车行驶证》原件经车购税征收机构审核后退还给纳税人，复印件由车购税征收机构留存。
（二）发证归档：车购税征收人员根据纳税人如实填写的《换（补）车辆购置税完税证明申请表》及提供的相关资料后，调取车辆的电子档案，对换、补申请进行审核，审核无误后，打印完税证明并交纳税人，将车辆的电子档案归档，并将纸质档案资料交由档案管理人员归档。
车辆登记注册后，申请补发完税证明的，完税证明副本由车购税征收机构留存。
第九条 过户、变更业务办理程序
在办理过户、变更业务时，车购税征收人员应首先调取车辆的电子档案，然后根据纳税人如实填写的《车辆变动情况登记表》（见附表5）和提供的完税证明正本、《机动车行驶证》原件及复印件，对纳税人过户或变更的申请进行审核，打印完税证明，将完税证明正本、《机动车行驶证》原件交纳税人（完税证明副本、《机动车行驶证》复印件由车购税征收机构留存），然后将电子档案归档，并将纸质档案资料交由档案管理人员归档。
车购税征收机构在办理过户、变更业务时，如发现该车辆已更换了车辆底盘或该车辆的免税条件已消失时，应要求纳税人按照本规程的第二条办理重新纳税申报。
第十条 转籍业务办理程序
（一）转出业务
办理转出业务时，车购税征收人员应首先根据纳税人填写《车辆变动情况登记表》和提供的公安车管部门出具的车辆转出证明等相关资料，从车辆档案库中调取车辆的电子档案，然后根据公安车管部门车辆转出证明确认转入地税务机关，对转籍车辆进行审核。如果确认可以转出，在车购税征管系统中打印《车辆购置税档案转移通知书》和《档案转移清单》，然后确定电子档案转移方式后转出，并将车购税纸质档案交由纳税人自带。转出地主管税务机关复印留存转出的全部档案资料并保存60天。
在车购税征收管理系统中有两种电子档案的转移方式，一种是通过网络进行电子档案的传输（直接发送），一种是通过移动介质进行电子档案的转移（另存为）。转籍业务如果是在省级之间进行，能通过网络进行电子档案传输的，则通过车购税征收管理系统进行电子档案的内部转移。不能通过网络进行电子档案传输的，电子档案可以通过移动介质转移到转入地；如果是在省内进行的转籍业务，则通过车购税征收管理系统进行电子档案的内部转移。
以电子图片方式存储应用车购税征管档案信息的车购税征收机构，办理转出业务时应将征管档案电子图片按照原件大小、格式打印，并加盖车购税征收机构公章后，作为车购税征管档案转出。
（二）转入业务
办理车辆档案转入业务时，车购税征收人员应首先接收转入车辆的电子档案，接收转入车辆可以直接在系统中查找待转入的车辆档案，也可以通过移动介质导入车辆的电子档案。如无法接收电子档案的，需先进行补建档案的操作。在正式接收电子档案或补建档案前，首先要判断该档案是否可以允许转入，如果不允许其转入，可直接进行档案的退回操作。如果允许转入，纳税人应填写《车辆变动情况登记表》，提供转出地主管税务机关核发的完税证明正本、档案转移通知书和档案，转入地主管税务机关审核后，将转出地主管税务机关核发的完税证明正本、档案转移通知书和档案留存，对转籍车辆核发新的完税证明正本（副本留存），然后将电子档案归档，并将纸质档案资料交由档案管理人员归档。
对无法接收电子档案的，需先进行补建档案操作的，档案补建后，按过户、变更方式处理转入车辆。
第十一条 档案更正业务操作程序
档案更正是指车购税征收机构在无法得到纳税人参与的情况下，对车购税征收管理系统中的正常档案进行档案内容修改的操作。主要用来纠正征收过程中出现的操作失误，或由于其他原因引起的系统档案内容的错误。
进行档案更正操作时，车购税征收机构需指定专人负责操作。
第十二条 票证管理操作程序
（一）票证的入库、出库
车购税完税证明的入库操作由省级国税机关在车购税征管系统进行，省级国税机关将已入库车购税完税证明在车购税征管系统中出库给省辖市级国税机关，省辖市级国税机关通过车购税征管系统逐级出库至各级车购税征收机构，由各级车购税征收机构出库给车购税征收人员。
《税收通用完税证》、《税收通用缴款书》、《税收汇总缴款书》的入库及出库操作可在各级国税机关进行。
