主管部门要逐年安排项目专项资金给研究机构，用以辅助保障研究项目的顺利完成，并建立课题立项、资助、管理、再申报和结题评价制度。
除此之外，单位还可以利用自身课题研究的资源优势，承接社会化运作课题而取得收入，包括按照科技创新资金申报要求，承接科技创新软课题，享受课题经费补助等。
同时，根据绩效考核结果要对研究机构中做出特别贡献人员实行特别奖励等。
二是要严格项目资金管理。对相关项目经费，实行绩效考评的管理方式，按照研究项目的实施进度进行拨款。项目预留资金（10-20%）根据研究机构主管部门对实施项目进行后评估并报人事、财政部门审核同意后，由财政部门予以拨付。
四、建立与研究业绩相挂钩的考核激励制度
（九）要全面推行绩效考核制。要建立完善业务质量保证体系和内部管理制度，形成有利于多出成果、出好成果的激励机制。要建立业绩联合考核指导机构，由市领导牵头，研究机构的主管部门和组织、人事、科技、财政部门参加，并吸收一些对科技课题研究管理有经验的人士共同参与，每年对三个研究机构进行综合考核评价。综合考核评价的具体实施办法由研究机构的主管部门会同组织、人事、科技、财政等部门研究制定。综合评价结果分为完成任务优秀、良好、合格、不合格四个等次，重点参考四方面情况综合而定：一是研究成果的实际应用情况（市委、市政府采纳与否、国家和省立项与否、领导批准与否）；二是研究项目应用后的社会效益和经济效益情况；三是对研究课题进行评审的专家组意见；四是国家、省评比获奖等次以及在国家级刊物发表情况。
业绩考核结果要与激励措施紧密挂钩，奖励措施包括精神、物质等多方面，对工作做得好、业绩显著的研究机构要给予表彰，直至重奖，对业绩不彰人员也要采取一定的约束措施，做到职务能上能下，待遇能高能低，人员能进能出。
五、加强领导，建立主管部门领导责任制
（十）加强组织领导，确保研究机构充分发挥作用。主管部门要加强对下属或委托代管的研究机构的领导和管理，要及时建立和规范内部各项管理制度，要切实加强研究人才队伍建设，整个研究团队的知识结构要合理，既要有擅长规划的，也要有擅长研究的，以利于实现多学科交叉合作研究。要营造良好宽松的研究环境，建立健全鼓励人才辈出的正常渠道和机制，做到人才引得进、留得住、用得好，成果出得好、出得多、出得快，使三个研究机构真正成为市委、市政府高水平的科学决策参谋机构，为我市科学发展和学习国际先进城市当好决策参谋。
