《病种目录》中既未列入统筹基金支付医药费的病种，又未列入统筹基金不予支付医药费的病种，须先由定点医疗机构申请并经市合管办批准同意后，统筹基金方能补偿。
《药品目录》中的“乙类目录”药品、《诊疗项目管理规定》中属于基金支付部分费用的诊疗项目所发生的费用，先由参合患者按规定比例自付后，再按本办法的规定补偿（个人自付的具体比例，由市合管办根据基金运行情况灵活确定）。危重症病人在抢救期间使用《药品目录》外药品，或住院患者使用《药品目录》内抗生素产生耐药性需换用《药品目录》外抗生素治疗的，经定点医疗机构申请报市合管办审批同意后，该药品可列入本次住院补偿范围。
住院期间因病情需要及医疗条件所限，经医生建议到有条件的医院进行医学检查所发生的符合补偿范围的检查费用可并入本次住院补偿范围。
住院患者办理入院手续前在门急诊所发生的符合补偿范围的医疗费用，或经审批转诊到上一级医院急诊留观期间所发生的符合补偿范围的医疗费用可并入本次住院补偿范围。
第二十四条 参合农民住院发生的医疗费用达到住院补偿起付线标准的，在扣除个人自付费用及起付线后按补偿比例、在封顶线内给予补偿。
（一）起付线：一类定点医疗机构（指一级或相当一级医疗机构，下同）实行住院零起付，二类定点医疗机构（指二级或相当二级医疗机构，下同）一次性住院费在300元（含300元）以上，三类定点医疗机构（指三级或相当三级医疗机构，下同）一次性住院费在600元（含600元）以上。
参合患者本人一年内有二次或二次以上住院的，起付线只扣除一次，即以上一级医院的起付线为基数扣除。
医疗救助对象因病住院实行零起付，在市内定点医疗机构住院治疗的免收住院押金。其个人自付部分在民政部门《大病医疗救助通知书》确定的救助金额内，由定点医疗机构直接救助再与民政部门结算。
（二）补偿比例：一类定点医疗机构住院费用在300元以内的补偿30%、在300元（含300元）以上的补偿80%，二类定点医疗机构补偿55％，三类定点医疗机构补偿45％。使用纯中药和中医诊疗技术治疗疾病的费用，其补偿比例在同类医疗机构补偿比例的基础上提高10个百分点。
认可其它市县新农合定点医疗机构。市外打工、暂住、探亲或其他原因在其它市县新农合定点医疗住院的，其医疗费用补偿根据当地定点医疗机构级别，按本办法同级同比例补偿支付。
实行住院补偿保底制。参合患者的一次性实际住院补偿比例达不到30%时，按本次住院总费用的30%给予补偿，但一年度里多次住院补偿累计不得超过封顶线。
参合患者未按规定程序办理转诊手续，或自行到市内外非定点医疗机构住院治疗（急抢救除外）的，其补偿比例按低于同级定点医疗机构10个百分点给予补偿，并不享受二次补偿待遇。
