市指挥部由市政府分管副市长任总指挥，三明军分区首长、市政府分管副秘书长、市水利局局长和市国土资源局局长任副总指挥，市委宣传部、市委农办、三明军分区、市武警支队、市消防支队、武警三明市森林支队、发展改革委、经贸委、财政局、国土资源局、建设局、民政局、交通局、公安局、教育局、水利局、农业局、林业局、畜牧水产局、粮食局、卫生局、广电局、旅游局、安监局、供销社、气象局、水文局、无线电管理局、电信分公司、效能办、电业局、三明火车站、梅列区人民政府、三元区人民政府，安砂水力发电厂、池潭水力发电厂、斑竹水电站、尤溪流域公司、台江水电站等单位负责人为指挥部成员，市水利局负责人兼任秘书长。
2.3 组织机构职责
2.3.1 市指挥部职责
（1）统一指挥全市防洪防台风工作，宣布启动、终止市防洪防台风应急预案。
（2）在市人民政府和省防汛抗旱指挥部的领导下，贯彻执行相关决定、指令。
（3）组织召开市指挥部成员单位和相关县（市、区）防汛抗旱指挥部参加的防洪防台风工作会议，分析预测洪水、台风发展趋势，安排部署防洪防台风和救灾工作，制定各项防洪防台风、救灾应急措施。
（4）下达抗洪抢险、中型水库泄洪等调度命令，组织各成员单位和相关县（市、区）防汛抗旱指挥部实施防洪防台风预案，并对实施情况进行监督、检查。
（5）动员全社会参与防洪防台风抢险救灾，指导灾后恢复重建。
2.3.2 市防办职责
（1）及时掌握汛情、工情、险情和灾情，向市政府报告和对外发布汛情、灾情。
（2）提出防洪防台风的目标、重点和措施等建议意见，为市指挥部提供决策依据。及时传达市指挥部的指令，完成交办任务，督促各项防洪防台风措施的落实。
（3）负责市级防汛抢险物资、器材的添置、储备、调剂和管理，协调有关部门做好抢险物资、器材的储备、管理。
（4）负责市指挥部的日常管理工作。
2.3.3 市指挥部成员单位职责
（1）三明军分区：根据市指挥部的要求，组织所属民兵预备役人员和协调驻明部队参加抢险救灾行动，协助当地政府转移、解救危险地带的群众。
（2）市武警支队、武警三明市森林支队：根据市指挥部的要求，组织防洪防台风应急抢险队伍，参加重要工程和重大险情的抢险工作。协助公安部门维护抗灾期间的社会治安秩序，协助当地政府转移、解救危险地带的群众。
（3）市消防支队：根据市指挥部的要求，组织所属部队参加重大抢险救灾行动，协助当地政府转移、解救危险地带的群众。
（4）市委宣传部：正确把握全市防洪防台风宣传的导向，及时组织、指导、协调新闻单位做好防洪防台风新闻宣传报道工作，负责各新闻媒体的采访接待安排工作。负责组织新闻单位对社会公众的防洪防台风知识宣传。
（5）市委农办、农业局、林业局、畜牧水产局：指导“三农”防洪防台风工作。负责组织、指导农牧业、林业的防洪防台风工作，若遇农林作物收获季节，应组织台风可能影响地区进行抢收。负责提出“三农”受灾救助政策、措施的建议。帮助灾区组织农业生产自救和灾后恢复生产，做好灾区动物疫病和农作物病虫害防治技术指导工作。
（6）市水利局：负责组织、指导全市水利工程防洪排涝防台风工作，做好所属水库洪水调度，提出防洪防台风应急措施，做好在建水利工程的安全度汛工作。
