（3） 各县（市、区）要结合自身实际在（1）、（2）两个方案中选择一个，并做好认真的测算，合理确定各级医疗机构的住院补偿比例。
（4）在计算参合患者的实际补偿金额时，应首先计算可补偿费用（即剔除不符合补偿范围的费用），再减去起付线金额后，按规定的补偿比例补偿；40万以上农业人口的大县或历年资金结余超过当年筹资总额的20%以上的县（市、区、特区），上述各级医院的补偿比例可上调5个百分点；农业人口少于15万的县（市、区、特区）补偿比例可下调5个百分点。
3、保底补偿。在县（市、区、特区）外医疗机构住院治疗且医药费用超过起付线的病例，应实行保底补偿。实际补偿比例应不低于20%。即在按补偿方案测算后，如果农民实际补偿所得金额与医疗总费用之比低于保底补偿比例，则按照保底补偿比例给予补偿。
4、住院分娩补偿。为鼓励孕产妇住院分娩，各地可根据实际情况，对参合孕产妇计划内住院分娩给予适当补偿，对病理性产科的住院分娩按疾病住院补偿标准给予补偿。开展“降低孕产妇死亡率和消除新生儿破伤风项目”的地区，孕产妇住院分娩要先执行项目规定的定额补助政策，再由合作医疗基金按有关规定给予补偿。在乡镇级医疗机构（或一级医院）力争实现正常分娩免费， 上述合计补助数不得超过其实际支出费用。
（二）门诊补偿
1、门诊统筹。大力推行门诊统筹。各县（市、区、特区）要结合自身实际在认真测算的基础上，合理确定各级医疗机构的门诊补偿比例。
门 诊
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县以上
| 县
|
乡
|
村
| 封顶线（元）
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30-35%
| 35-40%
| 40-45%
| 45-55%
| 200-300
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