本阶段将实施十项工程，即：汾河中下游河道生态修复工程、流域生态综合治理工程、流域地表水调蓄利用工程、城镇生活污水处理工程、工业废水达标治理及深度处理回用工程、煤矿地质环境恢复治理工程、矿坑水处理及回用工程、汾河源头移民及复垦开发工程、河流水质监测能力建设工程、汾河灌区末级渠系配套改造工程等。工程实施后，可使汾河防洪能力进一步提高，汾河干流两岸生态植被得到初步改善，干流河道水生态状况有所改观，汾河干流沿线的环境压力大大减轻。
2．中期目标和实施重点
在汾河干流河道水生态环境初步改观的情况下，按照生态文明和以人为本的要求，结合富民工程和传统产业提升改造，进一步扩大汾河干流沿岸植被绿化范围，在主要支流源头建设水源涵养林，在主要支流入汾段建设水土保持林；在干流中下游河段基本达到地表水V类水标准的基础上，将治理的重点放在一级支流，实现全流域工业和生活污废水无条件零排放，确保汾河中下游河段水质常年保持V类，部分河段逐步达到地表水IV类水标准；加快生活垃圾的集中填埋和无害化集中处理，使汾河干流太原段基本恢复河道的自然生态功能；全面实施工业企业污水深度处理及回用工程，实现零排放；选择地质构造良好地段进行“地下水库”的前期工作；在有条件的煤矿和矿井实施煤水双采，全面实施坑井水处理回用工程；对汾河流域煤炭禁采区内年产30万吨及以下的煤矿全部关闭；实施限采区内煤矿的地质环境恢复治理工程；进一步加强汾河流域主要泉域的保护，移民10万人，实行源头封禁保护。通过以上措施的有效实施，汾河干流及主要一级支流河道的自然生态基本得到修复，为全流域生态的自然恢复奠定良好基础。
3．远期目标和实施重点
远期着眼于重塑汾河流域的自然生态，进一步以天然林保护为主，建设水源涵养林和水土保持林，使全流域森林覆盖率增加4.3％左右，并使现有林地保护率达到30％；在汾河中、下游河段，利用地形条件，扩大塘池、湖泊和湿地面积，形成人水和谐的自然生态；充分应用新技术进一步提高污废水的处理水平，最大限度提高水的重复利用率；着手建设1-2个“地下水库”，增加地下水储备；继续对散居在汾河流域的偏远村落实施移民搬迁，从根本上解决人为环境破坏问题，达到地表水系生态自然恢复和地下水水位逐渐回升；按照汾河流域生态功能与水功能区划要求和流域水资源及环境承载能力，合理调配，疏解和重构汾河流域生产力格局，规范和引导人口、经济和社会活动，逐步完成汾河流域生态恢复和水源的涵养，建立高效、稳定的“经济-社会-自然”复合生态系统，实现我省“蓝天碧水”和人口、资源、环境协调发展。
二、主要建设内容和整治重点
（一）近期主要建设内容和整治重点
1．十大建设工程
（1）汾河中下游河道生态修复工程
--汾河中下游河道整治疏浚项目 按照规划整治宽度清淤疏浚河道主槽，其中中游段规划河槽宽度80米-120米，下游段规划河槽宽度80米-100米。规划疏浚河道350公里；修建和加固险工控导工程208处/ 102公里；堤防加固70公里；堤基隐患处理45段/ 50公里；泥结石硬化堤顶路面440公里；拦河潜坝46道。项目总投资4.16亿元，农村段和城市段河道的投资分别按省、市县7∶3和3∶7的比例，约需省级投资2.31亿元。工程2008年启动，工期2年，由省水利厅组织实施。
--汾河入黄口堤防下延项目 下延汾河堤防工程，将汾河入黄口位置稳定在万荣庙前以下，彻底解决黄河对汾河下游的顶托倒灌问题，为汾河下游防洪安全提供保障。项目总投资1.42亿元，属骨干防洪工程，全部由省级投资。工程2008年启动，工期2年，由省水利厅组织实施。
--汾河人工湿地建设项目 在汾河中下游较宽阔的河滩上修建人工湿地，扩大水面，净化水质。共修建河道人工湿地21个，总面积2020万m2。项目总投资3.87亿元，按省、市县7∶3的比例，约需省级投资2.71亿元。工程2009年启动，工期2年，由省水利厅组织实施。
--调蓄工程清淤项目 对汾河中游河道二、三、四坝水量调蓄工程的库区清淤和围堰堤防进行加高加固、桥闸改造。总清淤土方量350万立方米。项目总投资1.22亿元，属于水量调蓄工程，全部由省级投资。工程2009年启动，工期2年，由省水利厅组织实施。
--支流河口整治项目 对流域面积超过300平方公里的一级支流河口段进行整治，保证支流平顺汇入汾河，并减轻支流入口对汾河干流的影响。规划整治支流河口31个。项目总投资1.33亿元，属市区域内项目，按省、市县3∶7的比例，约需省级补助投资0.4亿元。工程2008年启动，工期2年，由省水利厅协调指导有关市、县人民政府实施。
--兰村至柴村桥段整治项目 充分利用汾河二库下泄水量充填砂坑，平整河床，恢复河道的自然形态，根据地形修建人工湿地。项目总投资0.1亿元，属干流重点生态治理河段，全部由省级投资。工程2008年启动，工期2年，由省水利厅组织实施。
