发生人间或动物间鼠疫疫情时，疫情发生地的旗县（市、区）、盟市和自治区三级政府及其有关部门按照分级响应的原则，做出相应级别应急反应。同时，根据鼠疫疫情发展趋势和防控工作的需要，及时调整反应级别，以有效控制鼠疫疫情和减少危害，维护正常的生产、生活秩序。
5.1 特别重大鼠疫疫情（Ⅰ级）的应急反应
自治区、盟市、旗县（市、区）人民政府均要成立鼠疫应急指挥部，并按照国务院或国务院有关部门的统一领导和部署，负责在本行政区域内迅速开展和认真落实各项鼠疫疫情的应急处理措施。
5.2 重大鼠疫疫情（Ⅱ级）的应急反应
5.2.1 重大鼠疫疫情应急处理工作由自治区人民政府组织领导。根据自治区卫生厅的建议和疫情处理的需要，自治区人民政府成立鼠疫应急指挥部，迅速掌握疫情态势并控制疫情，确定应急工作内容并组织实施；及时将疫情变化和工作进展情况报告国务院并抄送国务院有关部门，同时通报当地驻军领导机关和内蒙古出入境检验检疫局。必要时，请求卫生部及有关部门给予紧急支援。
5.2.2 自治区卫生厅迅速了解疫情发生的时间、地点、传染源和病例情况，确定疫情严重程度，分析疫情发展趋势，及时提出应急工作建议，负责向自治区人民政府报告和通报自治区有关部门，同时报卫生部。
5.2.3 盟行政公署、市人民政府按照自治区人民政府及有关部门的统一部署，负责组织协调旗县（市、区）人民政府开展鼠疫疫情的应急处理工作。
5.3 较大鼠疫疫情（Ⅲ级）应急反应
5.3.1 较大鼠疫疫情应急处理工作由疫情发生地盟行政公署、市人民政府组织领导。根据盟市卫生行政部门的建议和疫情处理的需要，成立鼠疫应急指挥部，掌握和分析疫情态势，确定应急处理工作任务并组织实施，及时将疫情变化和工作进展情况报告自治区人民政府。
5.3.2 盟市卫生行政部门迅速了解疫情发生的时间、地点、传染源、发病情况，确定疫情严重程度，分析疫情发展趋势和提出应急工作建议，及时向当地人民政府报告，同时报自治区卫生厅。
5.3.3 自治区卫生厅负责协调和指导疫情控制工作，派遣专家协助开展防治工作，提出应急处理工作的建议。自治区人民政府根据疫情和盟行政公署市人民政府的请求，确定对疫区进行紧急支援的任务和时限。
5.4 一般鼠疫疫情（Ⅳ级）的应急反应
5.4.1 一般鼠疫疫情应急处理工作由旗县（市、区）人民政府组织领导。根据旗县（市、区）卫生行政部门的建议和疫情处理的需要，旗县（市、区）人民政府成立鼠疫应急指挥部，组织有关部门密切配合，采取紧急处理措施，救治鼠疫患者，控制传染源，切断传播途径，做好疫区内生产、生活安排，保证疫情控制工作顺利进行。
