自治区经济委员会：紧急动用自治区医药储备，迅速向疫区提供预防、控制疫情和治疗患者以及消毒等方面的储备药品和器械；及时组织调运疫区人民生产、生活所必需的物资。
自治区财政厅：做好鼠疫控制应急资金的安排并及时拨付，加强资金管理监督。
自治区交通厅、呼和浩特铁路局、民航内蒙古安全监督管理办公室：按照《
国内交通卫生检疫条例》及其实施办法，负责各自职责范围内的交通卫生检疫工作，优先运送疫情处理人员、药品器械和有关物资。
自治区农牧业厅：负责做好疫区鼠疫动物疫病的防控和动物防疫监督工作。
自治区林业厅：负责疫区陆生野生动物异常情况的监测，并在疫情发生时，协助做好疫情发生地的隔离工作。
自治区公安厅：协助做好鼠疫疫区封锁，加强疫区治安管理和安全保卫工作。
自治区民政厅：对符合救助条件的鼠疫患者提供医疗、生活救助。
自治区教育厅：对学生进行鼠疫防治知识宣传教育。
自治区科技厅：协助提供鼠疫疫区处理所需技术，支持相关科学技术研究。
自治区商务厅：负责疫区重要生活必需品的应急供应工作。
自治区工商行政管理局：加强市场监管，严把市场主体准入关，严厉查处集贸市场上非法收购、出售和加工旱獭等鼠疫宿主动物及其产品的单位、个人。指导集贸市场开办者和有关动物及产品经营者搞好自律管理。
自治区旅游局：组织旅游全行业认真做好鼠疫疫情的预防和应急处理工作。
自治区人民政府外事办公室：协助职能部门做好鼠疫应急处理的有关涉外事务，协助解决境外媒体等机构对疫情的关注及协助接待国际组织的考察事宜。
自治区人民政府信息化工作办公室：组织和协调各基础电信运营企业予以积极配合，保障疫情控制期间疫区的通信和政务网络畅通。
内蒙古出入境检验检疫局：涉及国境卫生检疫时，按照《
中华人民共和国国境卫生检疫法》及其实施细则的规定办理。
内蒙古红十字会：充分发挥志愿者作用，协助相关部门在企业、社区、乡村、学校等广泛开展鼠疫预防知识的宣传普及工作，提高公众的防护意识。
内蒙古军区后勤部、武警内蒙古总队后勤部应完成营区内的疫情处理任务，并协助和支持地方做好疫情控制工作。
自治区党委宣传部、政府新闻办：按照疫情控制的统一部署和有关部门、地区的请求，做好疫情处理的宣传报道工作。宣传鼠疫防治知识，提高公众防疫与保健意识。
自治区人民政府督查室：对各部门鼠疫应急工作落实情况进行督查，通报工作进展情况。
