第十五条 新农合基金由各县合管委及其经办机构进行管理。经办机构应在财政部门审定的国有商业银行设立新农合基金专用户，县、乡合管办要开设收入专户，支出专户，收入户的全部资金要定期缴入财政专户储存，收支两条线管理，专款专用，做到资金封闭运行，确保安全。建立健全基金管理的各项规章制度，按照有关规定合理筹集、及时审核、支付新农合基金。新农合基金（含中央、省级补助，民政及各种救助，农民自筹和集体扶持等资金）及其产生的利息全部计入专项基金，用于对参合人员的医疗费用补偿，不得挪作他用。
新农合基金按照“以收定支、收支平衡、略有节余”的原则进行管理、使用和编制年度预算。年终合管办应及时汇总新农合基金年度决算，报财政部门审核。
第十六条 新农合基金中农民个人缴费及乡村集体经济组织的扶持资金，按年度由新农合经办机构或委托有关部门一次性收缴，并及时缴入专户。县乡合管办应按月将收入专户的资金（包括利息收入）全部缴入县财政专户。新农合收费使用统一的收费收据。
各县合管办要对收缴的资金逐乡逐村核对。做到收费票据、参合人数、名册与资金相符才能进入新农合基金收入专用账户。
对民政及其他社会资助人群要建立专项台帐，做到资金与人员名册一致。
第十七条 新农合基金以县为单位进行统筹。各县根据筹资总额，结合当地实际和基线调查情况，科学合理地确定新农合基金的支付范围、支付标准和额度，防止新农合基金超支或过多结余。
第十八条 新农合基金以保大病住院为主，同时适度补偿门诊医药费用。遵循以收定支、量入为出、逐步调整、保障适度的原则。补偿范围、补偿比例、起付线、封顶线由各县自行确定，报省、州批准执行。
为合理利用卫生资源，要拉开省、州、县、乡住院报销比例，逐步建立用起付线、报销比例引导病人就近医治的机制。
第十九条 各县要结合当地社会经济发展水平、农民意愿和新农合筹资情况，将新农合基金划分为医疗基金和风险基金，其中医疗基金占总基金的95-97%，风险基金占3-5%。医疗基金又划分为大病统筹基金（占医疗基金70%左右）、门诊基金或家庭账户基金（不得超过医疗基金的30%）。风险基金上划州级财政管理，当县级医疗基金不够支付群众补偿的医药费用时，向州级合管办提出申请，批准后下拨使用。各县上交的风险基金及其利息的所有权不变，不得在各县之间调剂使用。各县风险基金原则上达总基金的10%以后不再提取。
第四章 卫生服务与管理
第二十条 各级政府在积极推进新农合工作的同时，必须加快农村卫生服务体系建设。合理规划县、乡、村三级卫生服务网的功能定位，加强人员、房屋、设备建设，强化对农村医疗卫生机构的行业管理，努力提高医疗卫生服务水平，满足人民群众不断增长的卫生服务需求，做到新农合和医疗卫生服务相互促进，共同发展。
