药品监督管理部门：加强药品医疗器械监管，净化药品医疗器械市场，打击制售伪劣药品及非法经营使用药品医疗器械行为。
劳动和社会保障部门：协助做好新农合资金的管理和外出务工人员的新农合政策宣传。
人口与计划生育部门：负责做好新农合相关政策的宣传，并按新农合政策做好人口与计划生育服务部门的管理，为参合群众提供计生服务。
其他各部门要在自己职责范围内履行职责，协调配合好新农合工作的开展。
州、县、乡三级政府分别成立合管办，负责组织、协调、督促、检查和管理工作，统计上报信息，审核报销参合农民的医药费用，向合管委定期汇报工作，研究解决新农合发展中出现的困难和问题。
第八条 各级合管办要建立健全各项管理制度，建立和完善新农合管理信息系统和基础台帐，确保数据真实、统一。
第九条 严格规范药品流通管理制度，加强农村药品两网建设。逐步建立由卫生部门牵头，相关部门配合，医疗机构、参合农民代表、药品经营企业共同参与的药品流通管理制度，使全州城乡的药品流通基本实现“一个统一（统购、统配）、两个同价（医院与市场、城市与乡村同质同价），三个确保（质量符合GMP标准，数量、规格、剂型满足临床需要，按合同付款），四个满意（患者、医院、企业、政府满意）”的目标。
第三章 资金筹集和管理
第十条 新农合制度实行个人缴费、集体扶持和政府资助相结合的筹资机制。
第十一条 农民个人每年的缴费标准不低于国家规定的筹资标准，经济条件较好的地区可适当提高缴费标准。五保户和贫困户参加新农合的资金按有关规定给予救助。有条件的社团组织、乡村集体经济组织、企业可对本地建立新农合制度给予适当扶持。
第十二条 凡居住在辖区内的农民，以家庭为单位自愿参加新农合。参加新农合的农户发给《新型农村合作医疗证》，实行一户一证制。
第十三条 各县要积极探索多种形式相结合的新农合长效筹资机制，完善滚动式筹资办法，逐步取代集中征缴式筹资。
第十四条 新农合基金是由农民自愿缴纳、集体扶持、政府资助的民办公助社会性资金。按照以收定支、收支平衡和公开、公平、公正的原则进行管理，确保专款专用、专户储存、专人管理，不得挤占挪用。
