（一）按照“治旧控新、监建并举”的工作方针，突出重点区域、重点行业的污染整治削减排污总量，集中精力抓好环保重点监管区、重点污染行业的整治。
（二）依托重点工程削减总量。加快城镇污水处理厂及其配套管网的建设，加强污水处理厂进出水浓度的监管，提高污水的处理率和达标率；加快燃煤电厂和热电厂脱硫设施的建设和改造，加强监管，控制煤炭含硫率，提高脱硫设施的运行率和达标率。
（三）依托结构调整腾出总量。以主体功能区规划和生态环境功能区规划为依据，严格执行国家和省有关产业结构调整指导目录、限制和淘汰制造业生产能力目录，坚决淘汰落后生产能力。
（四）依托严格监管控制总量。通过建立污染源“三量”台账、污染源动态管理信息系统、在线监测和“飞行监测”等手段，加强对污染源的管理。在重点行业、重点企业实行清洁生产审核，从源头减少污染物的产生量。
（五）依托“五整治一提高工程”削减总量。通过推进畜禽粪便污染整治、生活污水污染整治、垃圾固废污染整治、化肥农药污染整治、河沟池塘污染整治和提高农村绿化水平，削减农业农村面源污染，改善农村生态环境。
第七条 各级环境保护行政主管部门应当对超标排污（包括超标纳管）或超总量排污单位责令限期治理。限期治理期间，排污单位应当采取限产、停产或者其他措施，使污染物排放符合限期治理规定的排放要求，并不得建设增加污染物排放总量的项目。逾期未完成治理任务的，依法予以停业、关闭。
第八条 各级环境保护行政主管部门应将总量控制纳入建设项目的环保审批条件，建立建设项目污染物排放总量的申请和核定制度。
第九条 建设项目需新增污染物排放量的，必须削减一定比例的同类污染物排放量。其替代比例为：环境功能区达标较好地区可按新增量与减排量1∶1比例削减；其他地区新增量与减排量不得低于1∶1.2。化工、医药、制革、印染、造纸等重污染行业削减比例不得低于1∶1.5。替代实行污染因子一致性管理，一般区域暂时考核COD、SO2两项指标，钱塘江流域增加氨氮指标。
第十条 替代削减的污染物排放量必须来自合法企业。关停非依法设立企业所削减的排污量，不得作为建设项目替代削减量。
钱塘江流域已经试行排污总量控制方案的7个县（市、区），仍按原方案实行。
