市财政每年安排不少于3500万元的生态补偿专项资金，重点支持珊溪（赵山渡）水库、泽雅水库集雨区生态补偿，并根据财力增长状况逐年增加预算安排。珊溪（赵山渡）水库供水范围内的县（市、区）财政也应每年安排一定的资金纳入市财政生态补偿专项资金，专项用于珊溪（赵山渡）水库集雨区生态补偿，具体比例由市生态办会同市财政局、市珊溪水利枢纽管理局、有关县（市、区）政府根据供水比例商定，报市政府审批。生态补偿专项资金按照“谁保护，谁得益”、“谁改善，谁得益”、“谁贡献大，谁得益多”以及“总量控制、有奖有罚”的原则确定有关县（市）年度安排比例，以项目补助的形式进行补偿，具体使用管理办法由市生态办会同市财政局制定，报市政府审批。
《市委办公室市政府办公室关于开展珊溪库区环境整治的实施意见》（温委办发〔2007〕136号）设立的珊溪库区环境整治专项资金纳入生态补偿专项资金，资金使用管理暂按《温州市珊溪库区环境整治专项资金管理办法（试行）》（温委办发〔2007〕208号）规定执行。
市林业部门应对珊溪（赵山渡）水库集雨区范围内尚未划定为生态公益林的林地进行一次全面调查，将具有水源涵养作用的林地逐步纳入市级生态公益林建设范围。生态补偿专项资金每年安排500万元用于珊溪（赵山渡）水库、泽雅水库集雨区范围内的新造林和原有低效生态公益林的补植改造及迹地更新。
在市财政和鹿城区、龙湾区、瓯海区财政收取的排污费中提取10％纳入生态补偿专项资金，用于珊溪（赵山渡）水库集雨区污染防治，资金使用管理暂按原规定不变。珊溪（赵山渡）水库供水范围内的县（市）也应在排污费中提取一定比例用于珊溪（赵山渡）水库集雨区污染防治，具体比例由市生态办会同市财政局、有关县（市）政府根据引供水比例商定，报市政府审批。
市发改委应会同有关部门加快推进水价改革，按《
水法》及《
水利工程供水价格管理办法》等规定，合理确定水价工程成本。市发改委应尽快将库区生态补偿成本作为新水价组成部分，并逐步提高原水价格中库区水源保护费和水资源费征收标准，收取的库区生态补偿费、水源保护费和水资源费纳入生态补偿专项资金（珊溪库区环境整治专项资金）统一安排使用。
在库区生态补偿成本纳入水价之前，浙江珊溪经济发展有限责任公司从供水收益中提取一定比例纳入生态补偿专项资金，标准为从现行供水水价0.4元/吨（不含库区水源保护费0.05元/吨）中提取0.02元/吨，水量根据年实际供水量确定，按季度预缴，年末结报。
