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临床治疗主要分为4个阶段：
（1）手足口病/疱疹性咽峡炎阶段：可采取一般治疗和对症治疗。
（2）神经系统受累阶段：可采取控制颅内高压、静脉注射免疫球蛋白、酌情应用糖皮质激素以及降温、镇静等其他对症治疗，并严密观察病情变化，密切监护，注意严重并发症。
（3）心肺衰竭阶段：应保持呼吸道和两条静脉通道畅通；呼吸功能障碍时，及时气管插管使用正压机械通气；在维持血压稳定的情况下，限制液体入量；头肩抬高15-30度，保持中立位；以及采取插胃管、导尿和其他药物治疗等措施。
（4）生命体征稳定阶段：经抢救后生命体征基本稳定，但仍有病人留有神经系统症状和体征，应做好呼吸道管理，避免并发呼吸道感染；采取支持疗法和应用促进各脏器功能恢复的药物；进行功能康复治疗或中西医结合治疗。
5.2.3 保护易感人群
疾病预防控制机构和妇幼保健机构要加强对小学和托幼机构传染病防控工作的指导，认真落实晨检制度，根据手足口病疫情发展趋势和程度，建议教育部门停课或复课。
5.2.4 标本采集和实验室检测
手足口病的实验室诊断一般是通过采集适当的临床标本后进行病毒分离和病毒鉴定，如果没有采到合适的临床标本，或无法进行病毒分离，也可以通过血清学检测（如中和实验）来检测血清中的中和抗体，或直接从临床标本中检测病毒的核酸来诊断。在手足口病疫情暴发时，省疾病预防控制中心负责组织手足口病病例的实验室检测，并进行病毒分离。
5.2.5 消毒
按照《消毒技术规范》和《手足口病预防控制指南（2008年版）》的规定，医院门诊和病房要保持清洁卫生，严格消毒制度，对患者粪便排泄物及其污物等及时进行消毒处理，切实落实各项控制措施，防止医院内感染。对居家治疗的病人及其接触者，由乡（镇、社区）防保人员具体指导落实隔离措施和疫点、疫区的消毒处理措施，以防止疫情扩散。
5.2.6 卫生监督
各级卫生监督机构要加强对餐饮业、食堂、生活饮用水的监督检查和执法稽查，并对手足口病病例疫情报告、医疗救治和应急处置等进行依法监督。
5.2.7 健康教育
各级卫生行政部门、爱卫办及医疗卫生机构要采取广播、电视、报纸等多种形式对社会公众广泛宣传手足口病防治知识，使广大公众增强防护意识，提高自我防护能力。
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