1.2006年3月2日前，符合清算条件，但资料不全、情况不清的项目，原则上实行核定征收。
2.2006年3月2日前符合清算条件的住宅小区项目，实行核定征收的，只要商业用房面积占小区总建筑面积不到8%的，可以对整个项目（不分住宅非住宅）按转让金额的1%比例进行核定征收。
3.在2002年底以前已全部竣工、完成销售的房地产开发项目，已按规定比例预征了土地增值税的，因时间过长，情况不清、资料不全的，可视同该项目已进行了核定征收。
（二）对2000年前的烂尾楼或项目虽已投入使用，但企业已注销，法人已联系不上的项目可不再进行清算。对这类项目各区县局应将有关情况核实后，以书面形式报市局备案。
（三）各区县局税政、征管部门应根据土地增值税清算情况进行审查、梳理和评估，对涉嫌偷逃骗税（包括退税有疑问的）以及清算或中介鉴证项目的土建工程成本（包括基础但不包括室外工程）出现异常（主城九区的单位造价，住宅多层每平方米超过700元，高层超过950元；综合楼多层超过900元，高层超过1200元；办公楼、教学楼、学生公寓、工业建筑等超过900元的，除主城九区以外的区县，单位造价达到同类建筑以上规定标准80%）的，应通过建议稽查渠道，将相关情况和材料移交稽查部门纳入案源管理，稽查部门根据稽查工作相关规定实施检查。
五、工作要求
（一）加强组织领导。各单位应按照本通知要求，加强领导，结合本单位实际，制定本地区土地增值税清算工作实施方案。同时充实业务力量，开展政策业务培训，把此项工作落到实处，防止清算工作流于形式，严禁弄虚作假。
（二）广泛开展宣传。为争取纳税人主动配合清算工作，确保清算工作取得成效，要采取多种宣传形式，让纳税人广泛知晓土地增值税政策和清算方法、步骤。
（三）加强部门协调配合。在清算工作中，对内要加强稽查、征管、税政部门之间的协调配合；对外要加强与建委、国土、房管部门、公安和社区等协税护税单位的沟通联系，形成部门合力，做到信息共享，保证清算工作取得圆满成功。
（四）注重清理检查实效。坚持标本兼治，以查促管的原则，提高清算质量和实效，发现问题要及时纠正，遇到困难要及时协调解决。要加强对清算工作的监控，确保清算工作顺利实施。
（五）认真分析总结。清算结束后，要认真总结此次清算工作的开展情况，对征管环节的漏洞和税政的问题进行分析，找出原因，提出改进意见和对策。
