第四十条 对中央下达专款只明确内容，未明确受款单位的，由主管预算单位（或项目主管单位）提出申请，报财政部门。财政部门根据中央下达的指标文件审核无误后，由财政部门或市国库收付中心将资金直接支付到主管预算单位（或项目主管单位）。
第四十一条 根据《上海市市级卫生事业投融资改革实施方案》（沪府办[2003]7号）和《关于推进本市市级医疗机构管办分离改革方案》（沪府办[2005]19号）的要求，申康医院发展中心（以下简称“申康中心”）管理的市级公立医疗机构基本建设经费、部门预算中用于固定资产的支出，以及市级公立医疗机构药品收支返还（除用于社区卫生服务、预防保健等其他卫生事业外）所形成固定资产的部分，仍按现行程序，由申康中心向财政部门提出申请，经财政部门审核同意后直接下拨到申康中心并相应增加其资本金，由申康中心按上述直接支付程序进行拨付。
第四节 财政授权支付程序
第四十二条 财政授权支付指实行国库单一账户体系的预算单位根据财政授权额度，自行开具支付令，通过国库单一账户体系将资金支付到收款人账户。
第四十三条 实行国库单一账户体系改革的市级机关财政授权支付程序按《关于部分市级机关实行国库单一账户体系有关问题的通知》（沪财库[2005]31号）和《关于市级机关试行国库单一账户体系有关问题的补充通知》（沪财库[2006]18号）中的相关程序办理申请支付。
第四十四条 实行国库单一账户体系改革的市级全额拨款事业单位财政授权支付程序按相关规定程序办理申请支付。
第五章 财务核算
第四十五条 实行国库集中支付后，实行财政直接支付的预算单位根据财政部门提供的《预算单位入账通知书》（附表10）进行会计核算，其主管预算单位不再进行账务处理。未实行财政直接支付的财政资金的财务会计管理，仍按现行《
行政单位会计制度》、《
事业单位会计制度》执行。
第四十六条 财政直接支付的会计核算凭证，由财政部门根据预算单位发生的财政直接支付数据，在次月5日前（节假日顺延）打印《预算单位入账通知书》，加盖“上海市财政局业务专用章”后送主管预算单位，主管预算单位应及时将《预算单位入账通知书》返还到基层预算单位作为记账依据。没有财政部门盖章的《预算单位入账通知书》不能作为有效的会计凭证。
第四十七条 财政直接支付的会计账务处理，预算单位应根据财政部门提供的《预算单位入账通知书》及原始凭证入账，其会计分录为：行政单位借记“经费支出”，贷记“拨入经费-财政直接支付”或“预算外资金收入-财政直接支付”；事业单位借记“事业支出”，贷记“财政补助收入-财政直接支付”或“事业收入-财政直接支付”。
第四十八条 财政授权支付的会计账务处理，则在资产类增设“零余额账户用款额度”会计总账科目，下发额度时，增加该科目核算资金，支付使用时，减少该科目核算资金。年终冲回多余额度，具体会计分录按照《关于部分市级机关实行国库单一账户体系有关问题的通知》（沪财库[2005]31号）的相关规定处理。
第四十九条 每月5日前（节假日顺延），由财政部门将预算单位的对账单送主管预算单位，主管预算单位应及时将所属预算单位的对账单下发，预算单位在收到财政部门签发的《预算单位对账通知书》后，核对所列各项支出，并将对账信息在每月25日前通过主管预算单位集中返还财政部门。
第五十条 年度终了后，财政部门在次年十个工作日内向主管预算单位、基层预算单位提供《主管预算单位对账单》（附表11）、《预算单位对账单》（附表12），主管预算单位、基层预算单位核对无误后，据此编制年度决算。
第五十一条 实行国库集中支付后，年终决算仍由各预算单位负责编制，并逐级汇总，由主管预算单位上报财政部门。拨付给非预算单位的财政资金，由财政部门代编决算。
第六章 职责管理
第五十二条 财政部门、预算单位、市国库收付中心、中国人民银行上海分行、代理银行应各司其职，相互配合，共同做好财政资金的国库集中支付工作。
第五十三条 财政部门主要职责：
（一）拟定国库制度改革方案，组织制定有关政策和规章制度，完善国库集中支付操作流程；
（二）审批主管单位报送分月用款计划，根据年度支出预算和分月用款计划合理调度资金，办理国库集中支付业务，下达财政授权支付额度；
（三）负责对国库集中支付相关的预算执行、资金支付中的重大事项组织调查，管理和监督国库管理制度改革的实施；
（四）负责市级国库集中支付系统的应用开发和维护管理工作；
（五）负责协调解决国库集中支付中预算单位、用款单位的相关事项的处理；
（六）指导区县财政做好国库集中支付的改革。
第五十四条 主管预算单位主要职责：
（一）负责按部门预算管理使用财政资金，并做好相应的财务管理和会计核算工作；
（二）负责审核和汇总本部门及所属预算单位的财政授权支付业务用款额度的审核和申请，负责所属单位财政授权支付的执行管理和监督；
（三）负责本部门及所属单位财政直接支付的预算执行、资金申请与拨付、账户管理对账、决算的汇总、审核和报批等管理和监督。
（四）负责本部门及所属单位财政资金执行进度、质量的管理和考核。
