根据上述指导思想和主要原则，编制自治区主体功能区规划要妥善处理好以下几个关系：
一是处理好开发与发展的关系。发展必须建立在科学合理、有序适度开发的基础上。既要积极推动符合主体功能定位、适应资源环境承载能力的工业化、城镇化建设，又要限制或禁止不符合主体功能定位的开发建设活动，实现又好又快发展。
二是处理好各类主体功能区之间的关系。各类主体功能区之间要分工协作，相互促进。重点开发区域要坚持产业多元、产业延伸、产业升级的发展方向，促进产业集群发展，加快推进优势特色产业发展，增强承接限制开发和禁止开发区域超载人口的能力；限制开发、禁止开发区域要通过生态和环境保护建设，提高生态环境承载能力，逐步成为全国或区域性的生态屏障和自然文化保护区域。
三是处理好主体功能与其他功能的关系。主体功能区要突出主要功能和主导作用，同时不排斥其他辅助或附属功能。重点开发区域的主体功能是集聚经济和人口，但其中也要有生态区、农业区、旅游休闲区等；限制开发区域的主体功能是保护生态环境，但在生态和资源环境可承受的范围内也可以发展特色产业，适度开发矿产资源。
四是处理好行政区与主体功能区的关系。要统筹考虑自治区的开发与发展，打破行政区界限，改变完全按行政区制定区域政策和绩效评价的方法，同时，主体功能区规划的实施，也需要依托一定层级的行政区。
五是处理好政府与市场的关系。政府应当根据主体功能区的定位合理配置公共资源，同时要充分发挥市场配置资源的基础性作用，完善法律法规和区域政策，综合运用各种手段，引导市场主体的行为符合主体功能区的定位。
六是处理好规划与政策的关系。要强化政策综合配套，通过建立和完善主体功能区区域政策体系，推动规划实施和主体功能区的形成。
三、主要任务
编制自治区主体功能区规划既要按照国家有关要求进行，又要结合我区的区位和区情特点，制定出符合我区实际的主体功能区规划和分类管理的区域政策。自治区主体功能区规划覆盖全区，规划期至2020年，由自治区人民政府组织编制，盟市不再划分主体功能区，而是要落实国家和自治区对本盟市的主体功能定位，在此基础上对本盟市进行具体的功能区划分。自治区主体功能区规划编制工作采取自上而下、上下结合的办法，各盟行政公署、市人民政府要积极配合做好此项工作。编制自治区主体功能区规划的主要任务是：
（一）分析评价国土空间
