（二）会计机构。农民专业合作社应根据自身规模和业务需要，设置会计账簿，配备必要的会计人员。不具备条件的，也可以本着民主、自愿的原则，委托经批准设立从事会计代理记账业务的中介机构代理记账。任何部门不得违背农民专业合作社的意愿，强制代理记账或者指定代理记账机构。
（三）会计科目。农民专业合作社的组织及业务具有一定的特殊性。与其他会计制度相比，农民专业合作社财务会计制度设置了部分特有的会计科目，如应付盈余返还、应付剩余盈余、股金等。各部门应指导农民专业合作社正确设置和使用相关会计科目，正确反映社员权益，切实保障成员利益。
（四）会计报表。根据农民专业合作社财务会计制度的规定，农民专业合作社应编制资产负债表、盈余及盈余分配表、收支明细表外，还要求编制成员权益变动表、成员账户和财务状况说明书，并应按规定向有关部门及时报送财务报告。各级农村经营管理部门，应对所辖地区报送的财务报告进行审查，然后逐级汇总上报，在规定时间内报送农业部。
三、贯彻执行农民专业合作社财务会计制度需要做好的几项工作
农民专业合作社财务会计制度的施行，是农民专业合作社发展进程中的一件大事，标志着农民专业合作社财务会计工作进入一个新的阶段。各部门要各司其职，进一步做好对农民专业合作社财务会计工作的管理、指导和服务工作，促进合作社依法进行会计核算，加强民主管理。
（一）切实履行职责。财政部门依照《
会计法》规定职责，对合作社的会计工作进行管理和监督。各级农业行政主管部门依照《
农民专业合作社法》对农民专业合作社建设与发展进行指导、扶持和服务。农民专业合作社管理指导部门、农村经营管理部门依照《
农民专业合作社法》和有关法规政策等，具体负责合作社日常会计工作的业务指导和监督。
（二）开展宣传培训。加强对农民专业合作社管理人员和财会人员的宣传培训，是贯彻执行农民专业合作社财务会计制度的重要内容，也是搞好农民专业合作社财务会计管理的基础和关键。各部门要加强协调，明确分工，各司其职，形成合力，制订培训计划，落实培训经费，提高培训效果。财政部门要把农民专业合作社财务会计制度培训工作与会计人员继续教育有机结合起来，并以此为契机，加大对农民专业合作社财务会计工作的监督和管理力度。
