第一类是指承担防洪、排涝、生态供水等水利工程管理运行维护任务的水管单位，为纯公益性单位，定性为事业单位。主要包括堤防、防洪和排涝水闸等水利工程的管理单位。
第二类是指承担既有防洪、排涝等公益性任务，又有供水、水力发电等经营性功能的水利工程管理运行维护任务的水管单位，为准公益性水管单位，准公益性水管单位依其经营收益情况确定性质。不具备自收自支条件的，暂定性为事业单位；具备自收自支条件的，定性为企业。
第三类是指承担城市供水、水力发电等水利工程管理运行维护任务的水管单位，称为经营性水管单位，定性为企业。
此外，在建和续建的水利工程管理单位，经费原则上应列入工程建设管理费，工程建设管理费从地方配套资金解决。在地方配套资金不能到位的前提下，所有在建和续建的水利工程管理单位都应列为事业单位范围。
水管单位的具体机构性质由水行政主管部门提出意见，经征求同级财政部门意见后，由同级机构编制部门负责确定。
（2）对水管单位定编定岗。事业性质的水管单位，其编制由机构编制部门会同同级财政和水行政主管部门核定。实行管养分离后的维修养护人员、准公益性水管单位中从事经营性资产运营和其他经营活动的人员，不再核定编制。各水管单位要根据水利部、财政部《
水利工程管理单位定岗标准（试点）》（水办〔2004〕307号）测算人员编制，由机构编制部门批准的编制总额内合理定岗。
2、理顺水管单位经费来源，落实“两费”。
（1）纯公益性水管单位，其编制内在职人员经费、离退休人员经费和公用经费等基本支出，由同级财政负担。工程日常维修养护经费在水利工程维修养护岁修资金中列支。工程更新改造费用纳入基本建设投资计划，由计划部门在非经营性资金中安排。
事业性质的准公益性水管单位，其编制内承担公益性任务的在职人员经费、离退休人员经费、公用经费等基本支出由同级财政负担；公益性部分的工程日常维修养护经费在水利工程维修养护岁修资金中列支；更新改造费用纳入基本建设投资计划，由计划部门在非经营性资金中安排。经营性部分的工程日常维修养护经费由企业负担，更新改造费用在折旧资金中列支，不足部分纳入基本建设投资计划，由计划部门在非经营性资金中安排。事业性质的准公益性水管单位的经营性资产收益和其它投资收益要纳入单位的经费预算。各级水行政主管部门应及时向同级财政部门报告该类水管单位各种收益变化情况，以便财政部门实行动态核算，并适时调整财政补贴额度。
企业性质的水管单位，所管理的水利工程的运行、管理和日常维修养护资金，由水管单位自行筹集，财政不予补贴。水管单位要加强资金积累，提高抗风险能力，确保水利工程维修养护资金的足额到位，保证水利工程的安全运行。
