（三）税款预缴
1、预缴方式。跨州市总分机构企业当期应纳税额，分别由总机构、分支机构按月或按季就地预缴。
2、就地预缴。总机构本期统一计算的应纳税额，依据省财政厅核定的总分机构企业分配比例，计算总分机构分别应缴税额，分别由总机构、分支机构按月或按季申报预缴。分支机构应缴纳的税款，总机构应在每月或季度终了之日起十日内汇划至分支机构，确保分支机构在法定时限内向税务机关申报缴纳。
3、税款征收。总分机构申报缴纳的税款，由总、分机构所在地征管税务机关开具税收缴款书，按规定预算级次缴库。
（四）预算科目及入库管理
企业总、分机构所在地税务机构开具税收缴款书，收款国库栏填写当地国库部门，税收缴款书预算科目栏按企业所有制性质对应填写1010401--1010439项下的有关目级科目名称及代码，“级次”栏按上述分配比例填写“中央60％、省级24％、州市县级16％”。
国库部门收到税款后，将税款60％列入中央级1010401--1010439项下的有关目级科目，24％列入省级1010401--1010439项下有关目级科目，16％列入州市县级1010401--1010439项下有关目级科目。
（五）省内跨州市总分机构企业缴纳的所得税税款滞纳金、罚款收入，不实行中央、省与州市分享，按中央与省级60：40分成比例就地缴库。需要退还的所得税滞纳金和罚款收入，仍按现行管理办法审批退库手续。
（六）跨州市经营微利企业所得税征管不适用本办法，由企业统一在总机构所在地集中纳税。
（七）省内跨州市总分机构企业，发生退税情况，由总机构所在地主管税务机关审核后，按各分支机构应分摊退税额，通知分支机构税务机关，从各级金库按中央60％、省级24％和州市县级16％的比例分别退库。
（八）本办法实施后，缴纳和退还2007年及以前年度的企业所得税，仍按原办法执行。
四、烟草工业企业所得税征管办法
烟草工业企业（红塔集团、红云集团和红河集团）所得税征管分配仍按《关于红云烟草（集团）有限责任公司税收缴库有关问题的通知》（云财预〔2005〕421号）和
云南省国家税务局《关于红塔烟草（集团）有限责任公司税收征收管理和税款缴库有关问题的通知》（云国税函〔2006〕789号）相关规定处理。
