主管税务机关对总机构、分支机构在征收税款时，均按照中央60％、省级24％、州市县级16％的比例开具税收缴款书，由人行国库部门办理入库；退库时，税务部门应按上述比例开具收入退还书，并提交退库的相关文件依据或退库申请书等交当地收缴国库，分别从相应级次库款中退付。

　　（二）总机构与分支机构应分摊税额比例确定方法

　　不属于小型微利企业的总机构，由省财政厅按照上一年度企业总机构及各分支机构的经营收入、职工人数和资产总额三个因素，及三个因素分别占0.4、0.4和0.2的权重，计算出总机构及各分支机构当年应分摊的纳税比例，并通知总机构按此比例分摊税款。三因素基础数据经分支机构和总机构所在地主管税务机关确认后，由当地财政部门核准并层报省财政厅审定。总分机构1－6月按照上年应分摊的纳税比例，7－12月根据当年应分摊的纳税比例分别预缴，年度终了根据当年应分摊的纳税比例汇算清缴。新设立的总分机构企业，从第二年起确定其总机构和各分支机构纳税比例，并按本办法由总机构统一计算税款；设立当年由总机构统一就地全额纳税，并按中央60％、省级24％、州市县16％的比例入库。原已存在的总分机构企业，当年新设立的分支机构第二年起参与计算纳税比例；当年撤销的分支机构第二年起不参与计算纳税比例。

　　实行本办法缴纳企业所得税的企业暂定为总机构和具有主体生产经营职能的二级分支机构。三级及三级以下分支机构，其经营收入、职工人数和资产总额等统一计入二级机构计算。企业总机构所在州市同时设有分支机构的，同样按三个因素确定缴税比例。

　　总机构及分支机构经营收入，指企业在销售商品或者提供劳务等经营业务中的全部营业收入。其中，生产经营企业经营收入是指生产经营企业销售商品、提供劳务等取得的全部收入；金融企业经营收入是指金融企业取得的利息和手续费等全部收入；保险企业经营收入是指保险企业取得的保费等全部收入。

　　总机构及分支机构职工人数，指企业年度内办理正式劳动合同的合法在职职工人数的平均值。

　　总机构及分支机构资产总额，指企业拥有或者控制的除无形资产外能以货币计量的经济资源总额。

　　总机构或某分支机构应纳税额＝企业总机构统一计算的企业当期应纳税额×企业总机构或该分支机构应纳税比例

　　企业总机构或某分支机构应纳税比例＝（该机构经营收入/所在总分机构企业经营收入总额）×0.4＋（该机构职工人数/所在总分机构企业职工人数总额）×0.4＋（该机构资产总额/所在总分机构企业资产总额）×0.2

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