2、云南总机构跨省市，同时在省内设有的分支机构。总机构将当期应纳所得税的50％在所属各分支机构之间进行分摊。省内分支机构根据分摊税款就地办理缴库，并按中央60％、省级24％、州市县级16％的比例分级入库；省外分支机构分摊的税款按相关规定办理缴库。
企业分支机构所在地税务机构开具税收缴款书，收款国库栏填写当地国库部门，预算科目栏按企业所有制性质对应填写1010440项“分支机构预缴所得税”下的有关目级科目名称及代码，“级次”栏填写“中央60％、省级24％、州市县级16％”。 国库部门收到税款后，将其中60％列入中央级1010440项“分支机构预缴所得税”下的有关目级科目，24％列入省级1010440项“分支机构预缴所得税”下的有关目级科目，16％列入州市县级1010440项“分支机构预缴所得税”下的有关目级科目。
由中央财政、中央金库按《
跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理暂行办法》进行财政调库，从“企业所得税待分配收入”划转我省的企业所得税，全额列入省级收入。
上述办法实施后，缴纳和退还2007年及以前年度的企业所得税，仍按原办法执行，具体操作按《
财政部关于跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理问题的补充通知》（财预〔2008〕23号）相关规定执行。
三、省内跨州市总分机构企业所得税征管办法
（一）主要内容
省内跨州市总分机构企业所得税征管，实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算”的处理办法。
统一计算。是指居民企业应统一计算包括各个不具有法人资格营业机构在内的企业全部应纳税所得、应纳税额。
分级管理。是指居民企业总机构、分支机构，分别由所在地主管税务机关属地进行监督和管理。居民企业总机构、分支机构都要按规定办理税务登记并接受所在地主管税务机关的监管。
就地预缴。是指居民企业总机构根据省财政厅审定的分配比例分别计算总机构、分支机构当期应纳税额，并分别就地按月或按季向所在地主管税务机关申报、预缴企业所得税。
汇总清算。是指在年度终了后，总机构负责进行企业所得税的年度汇算清缴。总分机构企业根据统一计算的年度应纳税所得额、应纳税额，抵减总机构、分支机构当年已就地分期预缴的企业所得税款后，多退少补。
