成立巢湖市蓝藻暴发影响饮用水安全应急处理指挥部（以下简称：饮用水应急指挥部），其组成如下：
总指挥长：由市人民政府市长担任；
副指挥长：由市人民政府分管环保、建设、水务工作的副市长担任；
成 员：市政府相关副秘书长，居巢区政府、市环保局、市建委、市水务局主要负责人，市政府办、市公安局、市财政局、市交通局、市卫生局、市商务局、市气象局、市渔业管理局、市消防支队等有关单位分管负责同志。
指挥部的职责：
⑴统一领导调度因蓝藻暴发导致的饮用水应急处置工作：
⑵研究制定蓝藻暴发饮用水应急处置预案；
⑶协调各相关职能部门之间的关系；
⑷组织指挥现场救援工作；
⑸负责预防预警、调查评估、信息发布、情况上报、应急保障、宣传培训工作。
3.2 办事机构及职责
饮用水应急指挥部下设办公室，办公室设在市环保局，市环保局局长任办公室主任，市政府办、市环保、建委、水务、卫生五部门分管负责同志任办公室副主任。办公室电话： 2331640； 2326434。
办公室的职责：
⑴履行信息和应急情况汇总、预警预测、综合协调职责，发挥运转枢纽作用；
⑵负责接收和办理向市政府报告并根据市政府要求向省饮用水污染应急指挥部报告等事项；
⑶承办市饮用水应急指挥部专题会议，督促落实其有关决定事项；
⑷负责饮用水应急期间新闻发布工作；
⑸负责应急供水的组织协调。
⑹承担市饮用水应急指挥部交办的其他工作。
3.3 有关成员单位职责
⑴市政府办：负责饮用水应急期间新闻发布和有关协调工作；
⑵居巢区政府：在蓝藻严重暴发阶段，配合建设部门组织人员对取水头部蓝藻建挡打捞；在城市自来水不能饮用时，完成指挥部下达的组织实施紧急供水任务；
⑶环保部门：负责饮用水源地水质监测，及时提供水质状况和蓝藻预警监测报告；
⑷建设部门：负责监督市水业集团加强水质处理，提高供水能力，做好供水应急准备。在蓝藻暴发时，负责对取水口头部蓝藻建挡打捞；在城市自来水不能饮用时，完成指挥部下达的组织实施紧急供水任务；
