财政部门具体负责土地出让收支管理和征收管理；国土部门具体负责土地出让收入的征收；地方国库负责办理土地出让收入的收纳、划分、留解和拨付等各项业务，及时向财政部门、国土部门提供相关报表和资料。具体操作为：土地出让收入入库当日，地方国库向财政部门提供入库款项信息资料，次日，财政部门向国土部门提供入库款项信息资料。
第四条 土地出让收支全额纳入政府基金预算管理。收入全部缴入地方国库，支出一律通过地方政府基金预算从土地出让收入中安排，严格实行“收支两条线”管理。在地方国库中设立专账，专门核算土地出让收入和支出情况。
第二章 预决算管理
第五条 国土部门和财政部门应在每年第三季度按规定编制下一年度的国有土地使用权出让收支预算（以下简称预算），纳入基金收支预算，按规定程序批准后执行。根据预算执行情况，可按
预算法相关规定程序对预算进行调整。
第六条 编制年度土地出让收支预算要坚持“以收定支、收支平衡”的原则。土地出让收入预算按照上年土地出让收入情况、年度土地供应计划、地价水平等因素编制；土地出让支出预算根据预计年度土地出让收入情况，按照年度土地征收计划、拆迁计划以及规定的用途、支出范围和支出标准等因素编制。
第七条 在预算未经规定程序完成审批前，为保证土地出让工作的顺利推进，可由财政部门根据土地出让收入的缴库情况，采取预拨的方式，在国土部门提交拨款申请表后三个工作日内及时将土地成本拨付到国土部门，预拨款不低于入库土地价款的70%。
第八条 考虑到土地出让项目的不确定性，未在预算中填列的土地出让项目，财政部门可根据该项目的土地收入缴库情况，采取预拨的方式，在国土部门提交拨款申请表后三个工作日内将不低于入库土地价款的70%拨付到国土部门，并按规定程序做好预算调整及相关账务处理。
第九条 财政部门、国土部门和地方国库要建立土地出让收入每月定期对帐制度，对应缴、已缴和欠缴国库的土地出让收入数额进行定期核对，确保有关数据的准确无误。
