（三）坚持以大并小、以优并差的原则。煤炭资源整合，应以规模大，技术、管理和装备水平高，有煤炭后续加工能力的合法矿井作为主体，整合其他矿井。鼓励中型煤炭企业采取兼并、收购等方式整合小煤矿。
（四）坚持一个整合主体的原则。在一个法人主体整合后的煤炭资源范围内，能够由一个矿井开采的就不再设置多个生产系统。因地质构造因素不能整合为一个生产矿井的，按照一个采矿许可证、一个矿井、一套生产系统的原则，报省煤炭行业管理部门会同投资主管部门、国土资源部门、煤矿安全监察机构进行认定后，由国土资源部门颁发采矿许可证。
（五）坚持按技术改造项目进行管理的原则。在资源整合过程中，确定纳入资源整合范围的矿井，必须责令其停止一切生产活动，有关部门应当依法暂扣采矿许可证、注（吊）销或者收回相关证照。整合主体煤矿“六证”均在有效期内其生产系统不改变，可满足安全生产条件的，允许在其开采范围和核定能力范围内组织生产，同时办理整合的技术改造项目审批手续。在其项目批准后，煤矿企业按技术改造项目程序进行建设，严禁在技术改造工程范围内边建设边生产。有关部门按照技术改造项目对其实施监督管理。同时，在办理相关证照时，有关部门和机构要简化程序，提高效率。
（六）坚持资源整合与煤炭资源有偿使用同步推进的原则。凡整合煤矿末依法处置过采矿权价款或缴纳矿产资源有偿使用费的，原则上应按整合主体依法缴纳采矿权价款和矿产资源有偿使用费。
二、整合的目标
（一）2008年底完成对不具备安全生产条件、非法开采、破坏环境和浪费资源的煤矿的关闭工作。
（二）淘汰落后生产能力，提高矿井规模。经整合形成的矿井规模原则上不得低于9万吨/年；边远、高寒、少数民族缺煤地区开采零星炭煤资源及极薄层的，报省煤炭资源整合领导小组审查批准后，矿井规模可适当放宽。
（三）控制煤矿企业数量和矿井数量，提高产业集中度。到2008年底全州煤炭企业控制在17户左右，全州煤矿矿井数量控制在43个以内。到2010年全州煤炭企业控制在15户以内，矿井数量控制在40个以内，单井平均规模达到5万吨/年以上，全州煤炭总产量达到200万吨以上，年生产能力9万吨以上的企业10户左右。通过资源整合，达到减少煤矿数量，提高煤炭产量，提升煤炭产业集中度目的。
