--坚持保障城市防洪安全的原则。河流作为城市防洪系统的重要设施，要保证其空间不受侵占，维护河流自然形态，在有条件的地方尽量预留蓄滞洪区，对洪水进行有效管理，消除洪涝灾害，满足防洪要求，保障城市安全。
--坚持以环境保护目标为导向的原则。各项污染治理设施的目标和实施进度安排，必须保证符合环保规划的规定，满足各项环境保护考核的目标。
--坚持体现综合效益的原则。实行建设与管理并重，把河流治理与河道查违执法结合起来，划定管理范围，维护好河道设施，防止边整治、边破坏、边污染。通过综合治理，实现良性循环和社会、经济、生态效益的统一。
（三）明确河流综合治理工作的目标。
“十一五”期间，全面完成重点防洪排涝基础设施建设，达标治理河道290 km，消减易涝区面积35 km2，全市五大河流干流及主要支流达到规划防洪标准，主要易涝地区达到排涝标准。到"十二五"期末，建成比较完善的防洪排涝综合体系，基本消除洪涝灾害隐患。
到2010年，全市污水处理厂总规模达到450万吨/日以上，中心城区污水集中处理率达到100%，其他城区达到80%以上，再生水利用率达到20%，特区内形成比较完善的雨污分流排水管网系统，特区外建成截污及污水输送主干管网，城市污水处理厂污泥得到妥善处置。到“十二五”期末，建成以污水处理厂深度处理后的尾水为动态水源的河道生态补水系统；污水管网全面覆盖宝安区、龙岗区和光明新区建成区，各街道市政排水管网基本实现雨污分流。
“十一五”后三年，全面推进生态河流建设，建成一批水质达标、生态良好、景观优美的示范河流和生态清洁小流域；深圳河湾水系各条支流全面达到景观水体要求，生态初步修复；深圳河、茅洲河、观澜河、龙岗河、坪山河等五大河流基本实现治污保洁目标，部分河段达到景观水体标准。到“十二五”期末，全市河流干流及主要支流生态基本恢复。
二、迎难而上，打一场河流综合治理的攻坚战
（一）推进截污治污工程建设，全方位削减河流污染负荷。
以污水处理厂、污水管网以及污泥处置设施三大建设任务为核心，加快截污治污工程建设，迅速提升水污染防治能力。一是提高污水处理能力。加快推进22座污水处理厂的新改扩建工作。其中新建福田、西丽、光明、福永、燕川、公明、布吉、沙田、葵涌、水头、坝光、鹅公岭、埔地吓等13座污水处理厂，改扩建滨河、南山、蛇口、观澜、横岗、龙田、横岭、上洋、平湖等9座污水处理厂。二是完善排水管网。特区内以改造完善市政排水管网和开展清源行动为抓手，确保2010年前全面理顺市政排水系统并纠正污水错接乱排，基本实现排水达标小区全覆盖；特区外以提高污水处理厂收集水量为目标，抓紧污水输送干管和截污管网建设，同时启动支管网项目前期工作并分片分阶段推进实施，力争在“十二五”期末基本达到新加坡等先进城市的管网密度水平。三是建成特区、宝安、龙岗三座污泥集中处置中心，日处理污泥总规模达到2000m3以上，解决城市污水处理厂污泥处置问题；加快河道底泥处理处置设施建设，实现河道污染底泥的环保处置。
