4．积极探索科技中介机构的独立运行机制。除保留少量由政府资助的面向社会提供公共服务的非营利机构外，绝大多数科技中介机构要以民间投资为主，鼓励、探索建立公司制、合伙制等企业运行机制。
5．具有科技中介职能的事业单位，要深化改革，努力增强面向市场的能力。主要从事经营性科技中介业务的，要加快向企业转制，建立公司制或合伙制企业。以公益服务为主，难以取得经济回报的，也要深化内部体制机制改革，建立以聘用制为核心的基本用人制度，建立与服务绩效挂钩、有利于培养人才的分配激励机制，在确保完成公益服务任务的前提下，积极开展市场服务。
6．各级财政科技经费中，每年要安排一定比例的资金，用于促进技术转移、成果推广、创新孵化、科技咨询评估等科技中介服务活动。
7．从事技术转让、技术开发和与之相关的技术咨询、技术服务业务取得的收入，经相关部门合同认定、登记并报主管税务局备案后，免征营业税。在一个纳税年度内，居民企业技术转让所得不超过500万元的部分，免征企业所得税；超过500万元的部分，减半征收企业所得税。
8．对拥有核心自主知识产权并同时符合条件的科技中介机构，可申请认定高新技术企业，并享受相关优惠政策。
9．企业支付的科技中介服务费，按规定享受有关优惠政策。
10．自2008年1月1日起至2010年12月31日，经国家批准的科技企业孵化器向孵化器企业出租场地、房屋以及提供孵化服务的业务收入，免征营业税；如纳税确有困难的，报经主管税务机关批准，可减免房产税和城镇土地使用税；对符合非营利组织条件的孵化器的收入，按规定享受企业所得税优惠政策。
11．对年度应纳税所得额不超过30万元，从业人数不超过80人，资产总额不超过1000万元的小型微利中介服务性企业，减按20％的税率征收企业所得税。
12．发挥科技中介机构作用，促进政府职能转变，通过公开、公平、公正、竞争择优的方式，委托有条件的中介机构承担项目申报受理、论证、绩效评价和管理决策咨询、技术引进推广等具体事务。
13．对不同类型科技中介机构实行分类指导。科技企业孵化器要扩大孵化面积，强化孵化和配套服务功能。区域创新服务中心要加强产学研合作，提高技术服务能力，围绕区域特色产业的发展，为中小企业和广大农户提供技术服务，有条件的要整合、集聚区域内外的创新资源，争取发展成为区域创新平台。技术转移、技术经纪、科技咨询、科技评估等中介机构要提高专业技术水平，建立广泛、稳定的服务网络和丰富的专家、成果、项目、信息资源库。专利代理机构要拓展服务领域，提高专利代理和诉讼水平，改进服务质量和效率，树立品牌，扩大规模，增强涉外专利代理和诉讼能力，积极开展面向企业和科技人员的专利服务工作。创业风险投资机构要增强创业投资决策和风险管理的能力，积极引入和利用社会资金，扩大创业投资规模，主要投资高新技术的初创项目。
